Creație și primii ani (1948-1953)Edit
La 23 mai 1948, consiliul de conducere al clubului de fotbal APOEL a trimis o telegramă către Asociația Elenă de Atletism Amator (greacă: Σ.Ε.Γ.Α.Σ.), cu ocazia competiției anuale panelenice de atletism. În telegramă, conducerea și-a exprimat dorința ca ceea ce a descris ca fiind „revolta comunistă” să ia sfârșit. Jucătorii clubului, considerând această acțiune ca fiind un comentariu specific politic asupra Războiului Civil din Grecia, s-au distanțat de consiliu și au fost expulzați în mod corespunzător din APOEL.La 4 iunie 1948, Dr. Mattheos Papapetrou a organizat o întâlnire la Nicosia care a dus la crearea Omonia. Mulți jucători expulzați de la APOEL au fost prezenți la întâlnire și s-au alăturat noului club. Împreună cu alte echipe de stânga, precum Nea Salamina, Alki Larnaca și Orfeas Nicosia, Omonia a contribuit la crearea, în decembrie 1948, a Federației de Fotbal Amator din Cipru. Omonia a participat în liga CAFF până în 1953, după ce a câștigat patru din cele cinci campionate jucate și cinci din cele cinci cupe jucate. Omonia a fost apoi acceptată de Asociația de Fotbal din Cipru pentru a participa în prima divizie cipriotă
Începuturile în prima divizie cipriotă (1953-1969)Edit
După ce s-a alăturat primei divizii cipriote în 1953, Omonia a ocupat doar locul șapte din nouă echipe în sezonul 1953-54, evitând cu greu retrogradarea. În timpul acelui deceniu, cea mai bună clasare a clubului a venit în sezonul 1956-57, când clubul a terminat pe poziția a treia.
Echipa avea să facă cel mai apropiat efort pentru titlu în sezonul 1959-60, după ce a terminat pe locul doi, la un punct în spatele lui Anorthosis Famagusta. În anul următor, după șapte sezoane în prima divizie, clubul avea să câștige primul său titlu în sezonul 1960-61. În acel sezon, Omonia avea să înscrie 91 de goluri în 24 de meciuri, în drumul său spre primul său titlu din istoria primei divizii cipriote. Omonia a câștigat al doilea titlu în sezonul 1965-66.
Epoca de aur (anii 1970-1980)Edit
Omonia a cucerit primele trofee ale deceniului în 1972, când clubul a câștigat atât campionatul, cât și cupa. Condusă de un tânăr Sotiris Kaiafas, Omonia a câștigat șapte titluri de campioană în anii 1970, dintre care șase consecutive (1974-1979). La sfârșitul deceniului, Omonia avea un total de nouă titluri de campion și trei cupe. La finalul sezonului 1979, Omonia era devansată de marea sa rivală APOEL cu două campionate. În 1976, Sotiris Kaiafas avea să câștige în continuare Gheata de Aur europeană pentru performanța de 39 de goluri într-un singur sezon. În 2003, a primit premiul UEFA Jubilee Awards pentru cel mai bun fotbalist cipriot al secolului XX.
Anii ’80 au fost un deceniu de succes pentru club, deoarece a câștigat alte șapte titluri de campion al Ligii cipriote, inclusiv alte cinci consecutive în 1981, 1982, 1983, 1984, 1985 și în 1987 și în 1989. La finalul anilor 1980, Omonia câștigase 14 titluri de campioană cipriotă, devenind cea mai de succes echipă de pe insulă la acea vreme.
Declin general (anii 1990)Edit
Anii 1990 se vor dovedi a fi mai puțin de succes decât cele două decenii anterioare. În această perioadă, Omonia a adunat doar un singur titlu în Liga Cipriotă, în sezonul 1992-93. Aveau să treacă opt ani până când Omonia avea să vadă următorul său titlu. În 1997, Omonia a semnat cu germanul Rainer Rauffmann, care avea să devină ulterior al doilea cel mai bun marcator din istorie al clubului. Cu ajutorul altui mare jucător al Omoniei, pe atunci căpitan, Costas Malekkos, și al unui tânăr Costas Kaiafas (fiul lui Sotiris Kaiafas), Rauffmann avea să devină cel mai bun marcator al primei divizii cipriote în sezoanele 1997-98, 1998-99, 1999-00 și 2000-01 și a condus Omonia la două titluri.
Renaștere (anii 2000)Edit
După opt sezoane dezamăgitoare, deceniul 2000 a început cu un trofeu. Omonia a sărbătorit cel de-al 18-lea titlu de campion al ligii cipriote în 2001. Acum condusă de Costas Kaiafas, Omonia avea să câștige din nou al 19-lea titlu de campioană a ligii cipriote în 2003. Din 2003, însă, echipa avea să se poticnească și să rămână fără titlu în următorii câțiva ani. După numeroase sezoane de recrutări slabe și rezultate sub așteptări, domnia Omonia avea să fie preluată de noul președinte și președinte al echipei, Miltiadis Neophytou, în 2008.
Echipa avea să fie repusă repede pe drumul cel bun începând cu 2006, începând cu semnarea portarului internațional cipriot Antonis Georgallides. Omonia avea să își continue recrutările de vedete, achiziționând vedete cipriote care jucau în străinătate, precum Elias Charalambous și Stathis Aloneftis. Ulterior, Omonia urma să ajungă pe prima pagină a ziarelor cu semnarea șocantă a celui mai bun marcator din toate timpurile pentru Cipru, Michalis Konstantinou. În 2009, Omonia avea să semneze și cu o altă vedetă cipriotă, Konstantinos Makrides. Pe parcurs, Omonia avea să achiziționeze și tinere speranțe cipriote, Dimitris Christofi (21 de ani) și Georgios Efrem (20 de ani). Efrem, care jucase la echipa de tineret a lui Arsenal și, mai târziu, a echipei scoțiene Rangers, avea să fie ultima piesă din puzzle-ul necesar pentru a câștiga cel de-al 20-lea campionat al ligii cipriote. După ce a pus piesele potrivite la locul lor, Omonia a făcut exact acest lucru. În timpul sezonului 2009-10, condusă de noul căpitan, Elias Charalambous, Omonia nu avea să piardă niciun derby, inclusiv meciurile din play-off, fie cu APOEL, fie cu Anorthosis Famagusta, fie cu Apollon.
Antrenorul principal Takis Lemonis a părăsit clubul după rezultate dezamăgitoare, iar Dušan Bajević a devenit noul antrenor în octombrie 2010, dar a fost concediat în aprilie 2011. El a fost înlocuit de Neophytos Larkou. Omonia nu avea să reușească să repete titlul de campioană în sezonul regulat 2010-2011 și, în schimb, a trebuit să se mulțumească cu locul doi, în ciuda aducerii unui alt tânăr cipriot în ascensiune, Andreas Avraam. Cu toate acestea, clubul avea să încheie într-o notă pozitivă: sub conducerea antrenorului interimar Neophytos Larkou, Omonia a învins Apollon Limassol în finala Cupei Ciprului pentru a câștiga cel de-al 13-lea titlu de cupă.
Omonia a petrecut un an dificil, dar a câștigat cea de-a 14-a cupă cu André Alves, care a marcat golul victoriei împotriva lui AEL Limassol. Sub îndrumarea directorului de fotbal nou numit Nickolas Danskalou, Omonia a terminat pe locul al doilea în campionat și pe locul al treilea după tururile de baraj, asigurându-și practic calificarea în turul al doilea al UEFA Europa League 2012-13.
Criza financiară (2012-2018)Edit
Antrenorul principal Neophytos Larkou a părăsit clubul în septembrie 2012, iar Toni Savevski a fost numit atunci antrenor. Echipa a început sezonul cu o mare victorie, dar și-a găsit al doilea succes după câteva meciuri. O primă rundă dezamăgitoare s-a dovedit suficientă pentru a exclude clubul din competiția pentru campionat sau cupă. Echipa a reușit rezultate mai bune în runda a doua, terminând sezonul pe locul trei. Mii de fani au răspuns la apelul președintelui de a dona cât mai mult, iar problemele financiare ale clubului s-au îmbunătățit. Ultimul meci al lui Omonia s-a încheiat cu o victorie cu 3-1 în fața lui AEK Larnaca. Omonia a fost eliminată în semifinalele Cupei de AEL Limassol.
În 2013, Omonia a început noul sezon cu Savevski ca manager, dar acesta a fost demis la jumătatea drumului pe lângă rezultatele pozitive. Miguel Ángel Lotina a fost angajat ca înlocuitor, dar a fost demis doar 37 de zile mai târziu. Kostas Kaiafas, fost jucător, a fost numit atunci ca nou antrenor. Dificultățile financiare ale clubului au revenit, în ciuda strângerii masive de fonduri organizate în sezonul precedent. Omonia a încheiat pe locul cinci în campionat, terminând cel mai slab sezon din ultimii 56 de ani, din 1957-58.
În august 2014, Omonia a fost eliminată din fazele playoff ale Europa League de către Dinamo Moscova. Clubul a emis o plângere către UEFA cu privire la arbitrajul meciului de către Alexandru Tudor. La începutul lunii septembrie, clubul a încetat să mai aprovizioneze cu bilete grupul de fani Gate-9, ceea ce a dus la abținerea grupului de la meciuri. Două săptămâni mai târziu, în urma unei întâlniri între președinte și antrenor, s-a decis ca biletele să fie furnizate din nou către Gate-9. Omonia a terminat pe locul patru în campionat. Echipa a fost eliminată din semifinalele Cupei Ciprului de APOEL.
Echipa a încheiat campania 2015-16 pe locul 4. În acest sezon a ajuns în finala Cupei Ciprioților, dar a pierdut în fața lui Apollon Limassol. În sezonul 2016-17, clubul a terminat pe locul 5. Acest lucru a însemnat că, pentru prima dată în 15 ani, clubul nu va putea juca în meciurile de calificare europeană. în urma unei adunări generale la sfârșitul sezonului, Antonis Tzionis a fost ales noul președinte al clubului. în timp ce campania 2017-18 a început cu mari așteptări, Omonia a încheiat sezonul pe locul 6. Sezonul a fost cel mai slab din istoria clubului în ceea ce privește înfrângerile și golurile primite. În ciuda acestui fapt, clubul a vândut un total de 95.222 de bilete în timpul sezonului, mai mult decât orice altă echipă din campionat.
Era Papastavrou (2018-prezent)Edit
Declinul departamentului de fotbal al clubului și dificultățile financiare cu care se confruntau i-au convins pe mulți că era nevoie de o schimbare în modul în care era condus clubul. În mai 2018 a fost convocată o adunare generală, iar membrii au votat pentru a preda departamentul de fotbal lui Stavros Papastavrou, un om de afaceri cipriot stabilit în America. Papastavrou plănuiește să investească 5 milioane de euro în club în următorii ani și va investi și mai mult în perioada de 20 de ani în care se va afla la conducere. El a declarat că va oferi fonduri pentru dezvoltarea academiilor și a terenurilor de antrenament ale clubului și că va fi luată în considerare potențiala creare a unui nou stadion.
Câțiva fani și-au exprimat dezaprobarea față de demersul de transformare a clubului de fotbal într-unul cu scop lucrativ. Gate 9, grupul de fani ai clubului, a declarat că decizia este contrară idealurilor tradițional de stânga ale Omoniei și că nu va mai susține departamentul de fotbal al clubului.
Clubul a terminat campania 2018-19 pe locul 6 și a fost eliminat din Cupa Ciprului de Apollon Limassol în turul al doilea. Managerul Yannis Anastasiou a fost înlocuit de Henning Berg în iunie 2019.Sezonul cipriot 2019-20 a fost abandonat în martie 2020 din cauza pandemiei COVID-19. La momentul abandonării sale, Omonoia era la egalitate de puncte cu Anorthosis Famagusta, dar s-a clasat pe primul loc datorită unui bilanț mai bun în clasament și astfel s-a calificat pentru primul tur de calificare din sezonul 2020-21 al UEFA Champions League.
.