Postupy pro analýzu srovnávacích dat pomocí fylogeneticky nezávislých kontrastů

Diskutujeme a objasňujeme několik aspektů použití Felsensteinových (1985, Am. Nat. 125: 1-15) postupů pro testování korelované evoluce spojitých znaků. Jedná se o jednu z několika dostupných srovnávacích metod, která mapuje data pro fenotypové znaky na existující fylogenetický strom (odvozený z nezávislých informací). Aplikace Felsensteinovy metody nevyžaduje zcela dichotomickou topologii. Nevyžaduje ani předpoklad postupného, hodinového vývoje znaků, jak by mohl být modelován Brownovým pohybem. K odhadu délky větví lze použít téměř jakékoli dostupné informace (např. genetické vzdálenosti, doby divergence odhadnuté z fosilního záznamu nebo z molekulárních hodin, počty změn znaků z kladistické analýzy). Adekvátnost jakýchkoli navržených délek větví pro statistické účely je však třeba empiricky ověřit pro každou fytogenezi a pro každý znak. Navrhujeme jednoduchý způsob, jak to provést, založený na grafické analýze grafů standardizovaných nezávislých kontrastů versus jejich směrodatné odchylky (tj. odmocniny součtů jejich délek větví). V některých případech budou délky větví a/nebo hodnoty studovaných znaků vyžadovat transformaci. Je uveden příklad zahrnující škálování plochy domovského okrsku savců. Po odpovídající standardizaci lze soubory nezávislých kontrastů analyzovat pomocí lineární nebo nelineární (vícenásobné) regrese. Ve všech případech však musí být regrese (nebo korelace) počítány přes počátek. Probereme také způsoby korekce vlivu velikosti těla a jak to souvisí s vytvářením grafických znázornění vztahů standardizovaných nezávislých kontrastů. V závěru se zabýváme typy znaků, které lze analyzovat pomocí postupů nezávislých kontrastů, a docházíme k závěru, že pro analýzu je vhodný jakýkoli (spojitý) znak, který se dědí po předcích, bez ohledu na mechanismus dědičnosti (např. genetický nebo kulturní).

.

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.