Det lille underenhedsgen (SSU) 18S rRNA-genet er et af de hyppigst anvendte gener i fylogenetiske undersøgelser og en vigtig markør for random target polymerasekædereaktion (PCR) i screening af biodiversitet i miljøet. Generelt er rRNA-gensekvenser lette at få adgang til på grund af stærkt bevarede flankerende regioner, der gør det muligt at anvende universelle primere. Deres repetitive placering i genomet giver store mængder skabelon-DNA til PCR, selv i de mindste organismer. 18S-genet er en del af den ribosomale funktionelle kerne og er udsat for lignende selektive kræfter i alle levende væsener. Da de første store fylogenetiske undersøgelser baseret på 18S-sekvenser blev offentliggjort (f.eks. af Field et al., 1988), blev genet derfor hyldet som den bedste kandidat til at rekonstruere metazoernes livstræ. 18S-sekvenser gav senere bevis for opsplitningen af Ecdysozoa og Lophotrochozoa klader (monofyletisk gruppe af organismer bestående af en fælles forfader og alle dens lineære efterkommere) og bidrog således til den seneste revolutionerende ændring i vores forståelse af metazoernes relationer.
I sidste del af 2000’erne og med et øget antal taxa inkluderet i molekylære fylogenier blev to problemer imidlertid tydelige. For det første er der fremherskende sekventeringshindringer hos repræsentanter for visse taxa, såsom bløddyrklasserne Solenogastres og Tryblidia, udvalgte toskallede taxa og den gådefulde krebsdyrklasse Remipedia. Manglende 18S-sekvenser for enkelte taxa anses for at være et almindeligt fænomen, men det rapporteres sjældent. For det andet kan 18S, i modsætning til de oprindeligt store forhåbninger, ikke opløse knuder på alle taksonomiske niveauer, og dets effektivitet varierer betydeligt mellem kladerne. Dette er blevet diskuteret som en effekt af hurtig gammel stråling inden for korte perioder. Multigene-analyser menes i øjeblikket at give mere pålidelige resultater til sporing af dybe forgreningsbegivenheder i Metazoa, men 18S anvendes stadig i vid udstrækning i fylogenetiske analyser.