Den 11. november 1988 undersøgte politiet, om lejeren Alberto Montoya, en udviklingshæmmet mand med skizofreni, hvis socialrådgiver havde meldt ham savnet, var forsvundet. Efter at have bemærket forstyrret jord på ejendommen, fandt de liget af lejeren Leona Carpenter, 78 år, frem. Syv lig blev til sidst fundet begravet på ejendommen.
Puente blev anklaget for i alt ni mord: Puentes kæreste, Everson Gillmouth, 77 år, og otte lejere, der boede på pensionatet, blev tiltalt for i alt ni mord: Ruth Munroe, 61; Leona Carpenter, 78; Alvaro “Bert/Alberto” Gonzales Montoya, 51; Dorothy Miller, 64; Benjamin Fink, 55; James Gallop, 62; Vera Faye Martin, 64; og Betty Palmer, 78.
I den indledende efterforskning var Puente ikke umiddelbart mistænkt, og hun fik lov til at forlade ejendommen, angiveligt for at købe en kop kaffe på et nærliggende hotel. I stedet flygtede hun efter at have købt kaffen straks til Los Angeles, hvor hun blev venner med en ældre pensionist, som hun havde mødt i en bar. Pensionisten genkendte hende imidlertid fra politirapporter i fjernsynet og ringede til myndighederne.
Puentes retssag blev flyttet til Monterey County, Californien, på grund af en anmodning om flytning af retskredsen indgivet af hendes advokater, Kevin Clymo og Peter Vlautin III. Retssagen begyndte i oktober 1992 og sluttede et år senere. Anklageren, John O’Mara, var leder af drabsafdelingen i Sacramento County District Attorney’s office.
O’Mara indkaldte over 130 vidner; han argumenterede over for juryen for, at Puente havde brugt sovepiller til at få sine lejere til at sove, derefter kvalt dem og hyret straffefanger til at grave hullerne i hendes gård. Clymo afsluttede sin afsluttende argumentation ved at vise et billede, der almindeligvis bruges i psykologi, og som kan ses på forskellige måder, og sagde: “Husk på, at tingene ikke altid er, som de ser ud”. Juryen rådførte sig i over en måned og fandt til sidst Puente skyldig i tre mord. Juryen var i dødt løb 11 mod 1 for en domfældelse i alle anklagepunkterne, og den enlige modstander gik til sidst med til en domfældelse for to mord af første grad, herunder særlige omstændigheder, og et mord af anden grad. Straffefasen i anklagemyndigheden blev fremhævet af hendes tidligere domme, som blev introduceret af O’Mara.
Den forsvarer indkaldte flere vidner, der viste, at Puente havde en generøs og omsorgsfuld side af sig selv. Vidner, herunder hendes for længst forsvundne datter, vidnede om, hvordan Puente havde hjulpet dem i deres ungdom og vejledt dem til succesfulde karrierer. Eksperter i psykisk sundhed vidnede om Puentes misbrugte opvækst og om, hvordan det motiverede hende til at hjælpe de mindre heldige. Samtidig var de enige om, at hun havde en ond side, der blev fremkaldt af den stress, det var at tage sig af sine nedslidte lejere.
O’Mara’s afsluttende argumentation fokuserede på Puentes mordhandlinger:
Hvis nogen bliver ansvarlige for deres adfærd i denne verden? … Disse mennesker var mennesker, de havde ret til at leve – de havde ikke en masse ejendele – ingen huse – ingen biler – kun deres socialsikringscheck og deres liv. Hun tog det hele… Døden er den eneste passende straf.
Clymo svarede ved at fremkalde Dorothea som barn og omsorgsperson. Peter Vlautin henvendte sig til jurymedlemmerne i fortrolige toner, hvilket stod i kontrast til O’Maras råben:
Vi er her i dag for at afgøre én ting: Hvad er værdien af Dorothea Puentes liv? Det er spørgsmålet. Skal hun slås ihjel?” Vlautin talte blidt om Puentes barndom og berørte de traumatiske aspekter, der formede hendes liv, og opfordrede jurymedlemmerne til at se verden gennem hendes øjne. “I har hørt om den fortvivlelse, som var grundlaget for hendes liv, vreden og bitterheden … Hvis nogen i juryrummet fortæller jer, at det ikke var så slemt, så spørg dem, om I ville ønske, at det skulle ske for jer selv? Ville du ønske, at det skulle ske for dine børn? … Jeg tror, at hvis der er nogen grund til, at vi lever her på jorden, er det for på en eller anden måde at styrke hinandens menneskelighed, for at elske, for at røre hinanden med venlighed, for at vide, at man har fået bare én person til at trække vejret lettere, fordi man har levet. Jeg vil gerne sige til Dem, mine damer og herrer, at det er grunden til, at disse mennesker kom for at vidne for Dorothea Puente … Jeg tror kun, at De virkelig kan forstå, hvorfor så mange mennesker vidnede og bad Dem om at skåne Dorotheas liv, hvis De nogensinde er faldet ned og snublet på livets vej og har haft nogen til at samle Dem op, give Dem trøst, give Dem kærlighed og vise Dem vejen. Så vil du forstå, hvorfor disse mennesker mener, at Dorotheas liv er værd at redde. Det er en formildende omstændighed. Det er en menneskelig kvalitet, som fortjener at blive bevaret. Det er en flamme af medmenneskelighed, som har brændt i Dorothea, siden hun var ung … Det er en grund til at give Dorothea Puente livstid uden mulighed for prøveløsladelse.