Die Mehrheit der sudanesischen Bevölkerung ist muslimisch und gehört überwiegend dem sunnitischen Zweig an. Der sunnitische Islam im Sudan ist, wie in weiten Teilen des übrigen Afrikas, durch die Bildung von tarīqahs oder muslimischen religiösen Bruderschaften gekennzeichnet. Die älteste dieser tarīqahs ist die Qādiriyyah, die im 16. Jahrhundert aus dem Nahen Osten in die Region Sudan eingeführt wurde. Eine weitere wichtige tarīqah ist die Khatmiyyah oder Mīrghaniyyah, die von Muḥammad ʿUthmān al-Mīrghanī im frühen 19. Die vielleicht mächtigste und am besten organisierte tarīqah ist die Mahdiyyah; ihre Anhänger führten einen erfolgreichen Aufstand gegen das türkisch-ägyptische Regime (1821-85) und errichteten einen unabhängigen Staat im Sudan, der von 1884 bis 1898 bestand. Die Mahdiyyah- und Khatmiyyah tarīqahs bildeten die Grundlage für die politischen Parteien, die in den 1940er Jahren im Sudan entstanden und auch nach der Unabhängigkeit eine dominierende Rolle in der Politik des Landes spielten.
Ein kleiner Prozentsatz der Bevölkerung des Sudan folgt traditionellen animistischen Religionen, insbesondere in den Nuba-Bergen. Obwohl diese Animisten einige gemeinsame Elemente des religiösen Glaubens teilen, hat jede ethnische Gruppe ihre eigene einheimische Religion. Praktisch alle traditionellen afrikanischen Religionen des Sudan haben die Vorstellung von einem hohen Geist oder einer Gottheit, in der Regel einem Schöpfergott. Es gibt zwei Vorstellungen vom Universum: das irdische und das himmlische oder das sichtbare und das unsichtbare. Die himmlische Welt wird als von geistigen Wesen bevölkert angesehen, deren Funktion darin besteht, als Vermittler oder Boten Gottes zu dienen; im Falle der Niloten werden diese Geister mit ihren Vorfahren identifiziert. Die höchste Gottheit ist Gegenstand von Ritualen mit Musik und Tanz.
Christen machen einen weiteren kleinen Teil der Bevölkerung aus. Das Christentum kam etwa im 6. Jahrhundert n. Chr. in den Sudan, und über Jahrhunderte hinweg blühten christliche Kirchen im alten Königreich Nubien. Nach der Errichtung der muslimischen Herrschaft in Ägypten und der späteren arabischen Einwanderung in den Sudan ging das Christentum in Nubien zurück und wurde allmählich durch den Islam ersetzt; dieser Prozess war am Ende des 15. Das heutige Christentum im Sudan ist das Ergebnis europäischer Missionsbemühungen, die in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts begannen. Die meisten dieser Bemühungen konzentrierten sich auf die Nuba-Berge und nicht auf die Muslime im Norden des Landes.