Beim selektiven Holzeinschlag werden in einem bestimmten Gebiet nur ein oder zwei Baumarten entfernt. Wie bereits erwähnt, ist der selektive Holzeinschlag im Vergleich zum Kahlschlag eine effizientere Methode, aber es gibt immer noch negative Auswirkungen. Der selektive Holzeinschlag im Amazonas-Regenwald hat sich von der geringen Ernte von ein oder zwei Baumarten zu einem System entwickelt, bei dem mehrere Baumarten abgeholzt werden können und das dennoch rentabel bleibt. Dies ist eine der vielen Landnutzungen in den sich entwickelnden Grenzregionen im Amazonasgebiet. Das Wachstum dieser Industrie ist jedoch nicht mit einem effizienten Management und besseren Erntetechniken verbunden. Obwohl es viele Fortschritte in der Waldbewirtschaftung gibt, wie z. B. das „Reduced Impact Logging“ (RIL), werden sie nicht in großem Umfang eingesetzt. Es gibt mehrere Gründe, warum schädliche selektive Abholzungstechniken gegenüber RIL bevorzugt werden: unklar formulierte Eigentumsrechte, hohe staatliche Transaktionskosten und ein Mangel an zugänglichen Informationen über Waldbewirtschaftungstechniken. RIL beeinträchtigt auch die Regeneration von Bäumen, da sie kleinere Lücken im Kronendach schafft, die das natürliche Licht einschränken, das nachwachsende Bäume zum Überleben brauchen.
Zwei Wege, die Erlaubnis zum Abholzen von Wäldern im brasilianischen Amazonasgebiet zu erhalten, sind politisch geregelte Waldbewirtschaftungspläne und Abholzung. Durch diese Genehmigungen wurden zwischen 2000 und 2004 fast 15 Mio. m3 Holz gewonnen, zwischen 1998 und 2004 jedoch über 24 Mio. Kubikmeter (850×106 cu ft). Ein Großteil der Produktion aus diesen Jahren stammt aus illegalem Holzeinschlag. Der illegale Holzeinschlag führt zu Steuerausfällen für die Regierung und zu einer schlechten wirtschaftlichen Entwicklung in den mit dem Holzeinschlag verbundenen Sektoren. Darüber hinaus führt der illegale Holzeinschlag zur Verarmung der Wälder, zum Verlust der Artenvielfalt und zu einer erhöhten Brandgefahr.
Die Intensität, mit der alle Holzeinschläge durchgeführt werden, wirkt sich direkt auf den ökologischen Fortschritt aus. Zunächst nimmt das Kronendach des Waldes durch selektiven Holzeinschlag ab, was zu einer Verlangsamung des Waldwachstums, der hydrologischen Prozesse und der Nahrungsversorgung führt. Der selektive Holzeinschlag verändert nicht nur die Waldstruktur, sondern auch den Kohlenstoffkreislauf und andere wichtige biogeochemische Prozesse, die zur Steuerung und Erhaltung der Waldproduktivität beitragen. Die Auswirkungen des selektiven Holzeinschlags lassen sich in drei Hauptkomponenten aufschlüsseln: Bodenschäden infolge der Holzernte, zeitliche Muster des Lückenanteils im Kronendach innerhalb der einzelnen Bodenschadenkategorien und zeitliche Veränderungen des Lückenanteils durch gefällte Bäume. Der Lückenanteil im Kronendach ist der integrierte Effekt mehrerer maßstabsabhängiger biophysikalischer Eigenschaften, die Aufschluss über die Offenheit des Kronendachs nach selektiver Abholzung geben. Pfade tragen am stärksten zu den Bodenschäden bei, während Baumstämme und Straßen nur einen geringen Anteil an den gesamten Bodenschäden haben. Unterschiedliche Erntemethoden und -techniken führen jedoch zu unterschiedlichen Bodenschäden. Trotz ähnlicher Erntetechniken verursachen konventionelle Abholzungsmethoden mehr Bodenschäden als die schonende Abholzung.
Die selektive Abholzung ist eine der vielen Landnutzungsarten im brasilianischen Amazonasgebiet, aber sie erweitert auch den Zugang des Menschen zu den Wäldern durch die Entwicklung einer Vielzahl von Abholzungsstraßen. Diese Straßen erleichtern den Zugang zu den Abholzungsgebieten, erleichtern aber auch Jägern den Zugang zu den Wäldern, was die Artenvielfalt im Wald verringert. Außerdem wird der Holzeinschlag am ehesten in der Nähe dieser Straßen durchgeführt, da der einfache Zugang zu den Wäldern höhere Gewinne ermöglicht. Dies führt zu großen Lücken und hohen Entwaldungsraten. Die Wahrscheinlichkeit der Abholzung ist bei schlecht geführtem selektivem Holzeinschlag in Wäldern zwangsläufig höher als in Wäldern, in denen dies nicht der Fall ist. Die zunehmenden Öffnungen im Kronendach führen zu einer Verschlechterung der Qualität und einer erhöhten Anfälligkeit für Brände. Die Fragmentierung der Wälder wird auch durch die starke Abholzung der Wälder gefördert. Die Auswirkungen des Holzeinschlags im brasilianischen Amazonasgebiet führen zu einer Fragmentierung der Wälder, da neue Waldgebiete entweder durch Kahlschlag oder durch selektiven Holzeinschlag entstehen.
In den frühen 2000er Jahren war fast die Hälfte der selektiven Holzeinschläge im Amazonasgebiet illegal. Da die Abholzungspraktiken größtenteils unreguliert waren, machten die schadensträchtigen Abholzungsarbeiten die Waldflächen anfällig für Dürre und Feuer. In kürzlich abgeholzten Wäldern ist der Anteil der Lücken im Kronendach in den Baumstämmen am höchsten, der Gesamteffekt auf den Anteil der Lücken im Wald ist jedoch aufgrund der geringen Fläche der Baumstämme vernachlässigbar.