Im Juni 1905 wurde Witte gebeten, ein Ende des Russisch-Japanischen Krieges auszuhandeln. Nikolaus II. war mit seiner Leistung zufrieden und holte ihn in die Regierung, um bei der Lösung der industriellen Unruhen nach dem Blutsonntag zu helfen. Witte wies darauf hin: „Bei vielen Nationalitäten, vielen Sprachen und einem Volk, das größtenteils ungebildet ist, ist es ein Wunder, dass das Land selbst durch eine Autokratie zusammengehalten werden kann. Denken Sie an eines: Wenn die Zarenregierung fällt, werden Sie in Russland ein absolutes Chaos erleben, und es wird viele Jahre dauern, bis Sie eine andere Regierung sehen, die in der Lage ist, das Gemisch zu kontrollieren, das die russische Nation ausmacht.“ (13)
Emile J. Dillon, ein für den Daily Telegraph arbeitender Journalist, stimmte Wittes Analyse zu: „Witte… hat mich davon überzeugt, dass jede demokratische Revolution, wie friedlich sie auch immer verlaufen mag, den Kräften des Anarchismus Tür und Tor öffnen und das Reich zerschlagen würde. Und ein Blick auf das bloße mechanische Nebeneinander – man konnte es nicht Vereinigung nennen – von Elementen, die untereinander so widersprüchlich waren wie die ethnischen, sozialen und religiösen Teile und Spaltungen der Untertanen des Zaren, hätte jedem unvoreingenommenen und aufmerksamen Studenten der Politik diese offensichtliche Wahrheit vor Augen geführt.“ (14)
Im Oktober 1905 traten die Eisenbahner in einen Streik, der das gesamte russische Eisenbahnnetz lahmlegte. Dies entwickelte sich zu einem Generalstreik. Leo Trotzki erinnerte sich später: „Nach dem 10. Oktober 1905 breitete sich der Streik, nun mit politischen Slogans, von Moskau aus über das ganze Land aus. Einen solchen Generalstreik hatte es bis dahin nirgendwo gegeben. In vielen Städten kam es zu Zusammenstößen mit den Truppen.“ (15)
Witte sah für den Trar nur zwei Möglichkeiten offen: „Entweder er muss sich an die Spitze der Freiheitsbewegung des Volkes stellen, indem er ihr Zugeständnisse macht, oder er muss eine Militärdiktatur errichten und die gesamte Opposition mit nackter Gewalt unterdrücken“. Er wies jedoch darauf hin, dass jede Politik der Unterdrückung zu einem „Massenblutvergießen“ führen würde. Er riet dem Zaren, ein Programm für politische Reformen anzubieten. (16)
Nikolaus schrieb in sein Tagebuch: „Während all dieser schrecklichen Tage traf ich mich ständig mit Witte. Wir trafen uns sehr oft am frühen Morgen, um uns erst am Abend zu trennen, wenn die Nacht hereinbrach. Es gab nur zwei Möglichkeiten: einen energischen Soldaten zu finden und den Aufstand mit purer Gewalt niederzuschlagen. Das würde Ströme von Blut bedeuten, und am Ende wären wir da, wo wir angefangen hatten. Der andere Ausweg wäre, dem Volk seine Bürgerrechte, Rede- und Pressefreiheit zu geben, auch die Gesetze durch eine Staatsduma anpassen zu lassen – das wäre dann natürlich eine Verfassung. Witte verteidigt das sehr energisch.“ (17)
Großfürst Nikolai Romanow, der Cousin des Zaren zweiten Grades, war eine wichtige Figur im Militär. Er kritisierte die Art und Weise, wie der Zar mit den Vorfällen umging, scharf und befürwortete die Art von Reformen, die Sergej Witte befürwortete: „Die Regierung (wenn es eine gibt) verharrt weiterhin in völliger Untätigkeit … ein dummer Zuschauer der Flut, die das Land nach und nach verschlingt.“ (18)
Am 22. Oktober 1905 schickte Sergej Witte eine Botschaft an den Zaren: „Die gegenwärtige Bewegung für die Freiheit ist nicht neu entstanden. Ihre Wurzeln sind in der jahrhundertelangen russischen Geschichte verankert. Die Freiheit muss die Losung der Regierung werden. Es gibt keine andere Möglichkeit für die Rettung des Staates. Der Marsch des historischen Fortschritts kann nicht aufgehalten werden. Die Idee der bürgerlichen Freiheit wird triumphieren, wenn nicht durch Reformen, dann auf dem Weg der Revolution. Die Regierung muss bereit sein, den Weg der Verfassung zu beschreiten. Die Regierung muss sich aufrichtig und offen um das Wohl des Staates bemühen und nicht versuchen, diese oder jene Regierungsform zu schützen. Es gibt keine Alternative. Die Regierung muss sich entweder an die Spitze der Bewegung stellen, die das Land ergriffen hat, oder sie muss es den elementaren Kräften überlassen, die es in Stücke reißen.“ (19)
Später im selben Monat gründen Leo Trotzki und andere Menschewiki den St. Petersburger Sowjet. Am 26. Oktober fand die erste Sitzung des Sowjets im Technologischen Institut statt. Es nahmen nur vierzig Delegierte teil, da die meisten Fabriken der Stadt Zeit hatten, die Vertreter zu wählen. Es wurde eine Erklärung veröffentlicht, in der es hieß: „In den nächsten Tagen werden in Russland entscheidende Ereignisse stattfinden, die für viele Jahre das Schicksal der Arbeiterklasse in Russland bestimmen werden. Wir müssen voll darauf vorbereitet sein, diesen Ereignissen vereint durch unseren gemeinsamen Sowjet zu begegnen.“ (20)
In den nächsten Wochen wurden in ganz Russland über 50 solcher Sowjets gebildet, und diese Ereignisse wurden als die Revolution von 1905 bekannt. Witte riet dem Zaren weiterhin, Zugeständnisse zu machen. Der Großfürst Nikolai Romanow stimmte zu und drängte den Zaren zu Reformen. Der Zar weigerte sich und befahl ihm stattdessen, die Rolle eines Militärdiktators zu übernehmen. Der Großherzog zog seine Pistole und drohte, sich auf der Stelle zu erschießen, wenn der Zar Wittes Plan nicht gutheißen würde. (21)
Am 30. Oktober stimmte der Zar widerwillig der Veröffentlichung der Einzelheiten der vorgeschlagenen Reformen zu, die als Oktobermanifest bekannt wurden. Darin wurde die Gewissens-, Rede-, Versammlungs- und Vereinigungsfreiheit gewährt. Außerdem versprach er, dass in Zukunft keine Menschen mehr ohne Gerichtsverfahren inhaftiert werden sollten. Schließlich kündigte er an, dass kein Gesetz ohne die Zustimmung der Staatsduma in Kraft treten würde. Es wurde darauf hingewiesen, dass „Witte die neue Politik mit aller ihm zur Verfügung stehenden Eindringlichkeit verkaufte“. Er appellierte auch an die Besitzer der Zeitungen in Russland, „mir zu helfen, die Meinungen zu beruhigen“. (22)
Diese Vorschläge wurden vom St. Petersburger Sowjet abgelehnt: „Man gibt uns eine Verfassung, aber der Absolutismus bleibt… Das kämpfende revolutionäre Proletariat kann seine Waffen nicht niederlegen, bis die politischen Rechte des russischen Volkes auf eine feste Grundlage gestellt sind, bis eine demokratische Republik errichtet ist, der beste Weg für den weiteren Fortschritt zum Sozialismus.“ (23) Der Zar gab Witte dafür die Schuld und schrieb in sein Tagebuch: „Solange ich lebe, werde ich diesem Mann (Witte) nie wieder die kleinste Sache anvertrauen.“ (24)
Als er von der Veröffentlichung des Oktobermanifests erfuhr, kehrte Pater Georgi Gapon nach Russland zurück und versuchte, die Erlaubnis zur Wiedereröffnung der Versammlung der russischen Arbeiter in St. Petersburg zu erhalten. Sergej Witte weigerte sich jedoch, ihn zu treffen. Stattdessen schickte er ihm eine Nachricht, in der er ihm drohte, ihn zu verhaften, wenn er das Land nicht verlasse. Er war bereit, einen Deal anzubieten, der vorsah, dass Gapon sich offen für Witte aussprach und alle weiteren aufständischen Aktivitäten gegen das Regime verurteilte. Im Gegenzug erhielt er die Zusage, dass Gapon nach Beendigung der Krise wieder nach Russland einreisen und seine gewerkschaftlichen Aktivitäten fortsetzen dürfe. (25)
Der Zar beschloss, gegen die Revolutionäre vorzugehen. Trotzki erklärte später, dass: „Am Abend des 3. Dezember wurde der St. Petersburger Sowjet von Truppen umstellt. Alle Ausgänge und Eingänge wurden geschlossen.“ Leo Trotzki und die anderen Führer des Sowjets wurden verhaftet. Trotzki wurde nach Sibirien verbannt und aller Bürgerrechte beraubt. Trotzki erklärte, er habe eine wichtige politische Lektion gelernt: „Der Streik der Arbeiter hatte zum ersten Mal den Zarismus in die Knie gezwungen.“ (26)
Georgi Gapon hielt seinen Teil der Abmachung ein. Wann immer es möglich war, gab er der Presse Interviews, in denen er Sergej Witte lobte und zur Mäßigung aufrief. Gapons Biograph, Walter Sablinsky, hat darauf hingewiesen: „Das brachte ihm natürlich heftige Anschuldigungen seitens der Revolutionäre ein… Plötzlich war aus dem Revolutionshelden ein glühender Verteidiger der zaristischen Regierung geworden.“ Der Zorn wuchs, als klar wurde, dass Witte entschlossen war, das Land mit Gewalt zu befrieden, und alle Revolutionsführer verhaftet wurden. (27)