Rev. Dr. William J. Simmons wurde am 29. Juni 1849 als Sklave in Charleston, South Carolina, als Sohn von Edward und Esther Simmons geboren. Als William noch klein war, floh seine Mutter mit ihren drei Kindern, William und seinen beiden Schwestern Emeline und Anna, aus der Sklaverei. Sie landeten zunächst in Philadelphia, PA, und wurden von einem Onkel namens Alexander Tardiff aufgenommen, der sie beherbergte, ernährte und die Kinder unterrichtete. Aufgrund des Drucks von Sklavenhändlern zog Tardiff mit seiner Großfamilie nach Roxbury, Pennsylvania, Chester, PA, und ließ sich schließlich in Bordentown, New Jersey, nieder. Tardiff hatte von dem späteren Bischof Daniel Payne eine Ausbildung erhalten und bemühte sich, Simmons und seinen Geschwistern auf dieser Grundlage eine Ausbildung zu ermöglichen. Von 1862 bis 1864 war William als Lehrling bei einem Zahnarzt tätig. Während des amerikanischen Bürgerkriegs diente er in der Unionsarmee, wo er sich am 15. September 1864 meldete und ein Jahr lang diente. Er nahm an der Belagerung von Petersburg, der Schlacht von Hatcher’s Run und der Schlacht von Appomattox Court House teil und war bei der Kapitulation des konföderierten Generals Robert E. Lee anwesend. Nach dem Krieg kehrte er in die Zahnmedizin zurück. Im Jahr 1867 konvertierte er zu den Baptisten und schloss sich einer White Baptist Church in Bordentown an, die von Reverend J. W. Custis geleitet wurde. Die Gemeinde unterstützte ihn während des Studiums. Er besuchte die Madison University (heute Colgate University, Abschluss 1868), die Rochester University und die Howard University, die er 1873 mit einem Bachelor-Abschluss verließ. Während seines Studiums arbeitete er kurz in Washington D.C. an der Hillsdale School. In Hillsdale war er bei Solomon G. Brown, einem Angestellten des Smithsonian Institute, untergebracht. Nach seinem Abschluss zog er auf Anraten von Horace Greeley nach Arkansas, um dort Lehrer zu werden, kehrte aber bald darauf nach Hillsdale zurück, wo er bis Juni 1874 unterrichtete.
Im folgenden Sommer heiratete er am 25. August 1874 Josephine A. Silence und zog nach Ocala, Florida. Das Paar hatte sieben Kinder: Josephine Lavinia, William Johnson, Maud Marie, Amanda Moss, Mary Beatrice, John Thomas und Gussie Lewis. In Florida investierte er in Land für den Orangenanbau, wurde Direktor des Lehrerausbildungsprogramms der Howard Academy und diente als Pfarrer einer Kirche, stellvertretender Bezirksschreiber und Bezirksbeauftragter. Er machte Wahlkampf für den Republikaner Rutherford B. Hayes. Er diente dort bis 1879. In diesem Jahr wurde er ordiniert und zog nach Lexington, Kentucky, wo er die Erste Baptistenkirche leitete. Im folgenden Jahr wurde er der zweite Präsident des Kentucky Normal and Theological Institute, an dem er ein Jahrzehnt lang tätig war. Die Schule wurde schließlich in State University of Louisville und später nach Simmons in Simmons College of Kentucky umbenannt, da sich die Schule unter seiner Leitung weiterentwickelte. Sein Nachfolger am Simmons College wurde 1894 Charles L. Purce.
In Kentucky wurde er für mehrere Jahre zum Vorsitzenden der State Convention of Colored Men gewählt. Am 29. September 1882 wurde er zum Herausgeber der Zeitschrift American Baptist gewählt, in der er die Versäumnisse beider politischer Parteien kritisierte, die Schwarzen in ihren Bürgerrechten und ihrem Fortschritt zu unterstützen. Er war auch Präsident der American Baptist Company. 1886 wurde er vor T. Thomas Fortune zum Präsidenten der Colored Press Association gewählt, nachdem er im Jahr zuvor gegen W. A. Pledger verloren hatte. 1883 organisierte Simmons die Baptist Women’s Educational Convention, und 1884 ernannte Blanche Bruce Simmons zum Beauftragten für den Staat Kentucky auf der Weltausstellung 1884 in New Orleans. Im Jahr 1886 organisierte er die American National Baptist Convention und wurde zu deren Präsident gewählt. Die Konvention war ein Aufruf zur Einheit der afroamerikanischen Baptisten und wurde ebenfalls von Richard DeBaptiste geleitet; außerdem gab es bemerkenswerte Vorträge von Solomon T. Clanton und James T. White. 1889 gehörte Simmons in Indianapolis zu den führenden Vertretern der American National Baptist Convention und verfasste eine Resolution zur Unterstützung von Schwarzen, die vor der Gewalt im Süden flohen und in den Norden zogen.
Simmons erhielt 1881 von der Howard University die Ehrendoktorwürde und 1885 von der Wilberforce University die Ehrendoktorwürde. Im Jahr 1887 veröffentlichte er ein Buch mit dem Titel Men of Mark: Eminent, Progressive and Rising, das das Leben von 172 prominenten afroamerikanischen Männern beleuchtet, während er als Präsident der Schule fungierte. Er arbeitete an einer Schwesterausgabe des Titels, die das Leben und die Leistungen prominenter afroamerikanischer Frauen aus der Zeit vor 1900 beleuchten sollte, starb aber leider vor der Fertigstellung. Er starb am 30. Oktober 1890 in Louisville, Kentucky.