Ihr Verbreitungsgebiet wurde durch Überfischung und Lebensraumzerstörung infolge von Bergbau, Beweidung und Abholzung verkleinert, und die Populationsdichte wurde durch die Konkurrenz mit nicht heimischen Bach-, Braun- und Regenbogenforellen verringert, seit diese im späten 19. und frühen 20. Die größten aktuellen Bedrohungen für die Unterart sind jedoch die Kreuzung mit eingeführten Regenbogenforellen (die zu Cutbows führen) im Greater Yellowstone-Ökosystem, das Vorhandensein von Seeforellen in den Yellowstone- und Heart-Seen im Yellowstone-Nationalpark, die Cutthroat-Forellen bis zu einer Länge von 15 Zoll erbeuten, und mehrere Ausbrüche der Wirbelkrankheit in wichtigen Laichflüssen.
Obwohl die Seeforelle in den Shoshone und Lewis Seen im Snake River Drainagegebiet von U.Obwohl die Seeforelle seit 1890 von der US-Regierung in den Shoshone- und Lewis-Seen im Einzugsgebiet des Snake River angesiedelt wurde, wurde sie nie offiziell in das Einzugsgebiet des Yellowstone River eingeführt, und ihr Vorkommen dort ist wahrscheinlich das Ergebnis versehentlicher oder illegaler Einführungen.
Gelegentliche Trockenheit im Yellowstone-Gebiet führt dazu, dass mehrere Laichflüsse im Spätsommer austrocknen, was die Jungfische daran hindert, in den Yellowstone Lake zu wandern, und sie zur leichten Beute für Raubtiere wie Möwen und Pelikane macht. Diese Bedrohungen haben die Cutthroat-Populationen im Yellowstone Lake und den angrenzenden Teilen des Yellowstone River erheblich reduziert. Die stärksten Cutthroat-Populationen gibt es derzeit im Grand und Black Canyon des Yellowstone River sowie im wichtigsten Nebenfluss des Yellowstone im Yellowstone Park, dem Lamar River und seinen Nebenflüssen. Erst 2004 versuchten Umweltschützer, die US-Behörde für Fischerei und Wildtiere (U.S. Fish and Wildlife Service) zu veranlassen, die Unterart auf die Liste der gefährdeten Arten zu setzen, was von der Behörde mit der Begründung abgelehnt wurde, dass bereits große Anstrengungen unternommen werden, um den Fortbestand dieser Unterart zu sichern. Alle Yellowstone-Kutthroat-Forellen, die im Yellowstone-Nationalpark gefangen werden, müssen freigelassen werden. Für Populationen außerhalb des Nationalparks gelten je nach Lage des Baches oder der Wasserstraße unterschiedliche Vorschriften.