El gen de la subunidad pequeña (SSU) del ARNr 18S es uno de los genes más utilizados en los estudios filogenéticos y un importante marcador para la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de destino aleatorio en el cribado de la biodiversidad ambiental. En general, las secuencias del gen del ARNr son de fácil acceso debido a las regiones flanqueantes altamente conservadas que permiten el uso de cebadores universales. Su disposición repetitiva dentro del genoma proporciona cantidades excesivas de ADN molde para la PCR, incluso en los organismos más pequeños. El gen 18S forma parte del núcleo funcional ribosómico y está expuesto a fuerzas selectivas similares en todos los seres vivos. Por ello, cuando se publicaron los primeros estudios filogenéticos a gran escala basados en las secuencias del 18S (por ejemplo, por Field et al., 1988), el gen fue celebrado como el principal candidato para reconstruir el árbol de la vida de los metazoos. Más tarde, las secuencias 18S proporcionaron pruebas de la división de los clados Ecdysozoa y Lophotrochozoa (grupo monofilético de organismos compuesto por un ancestro común y todos sus descendientes lineales), contribuyendo así al cambio revolucionario más reciente en nuestra comprensión de las relaciones entre los metazoos.
Sin embargo, durante la última parte de la década de 2000, y con el aumento del número de taxones incluidos en las filogenias moleculares, se hicieron evidentes dos problemas. En primer lugar, existen impedimentos de secuenciación predominantes en representantes de ciertos taxones, como las clases de moluscos Solenogastres y Tryblidia, taxones de bivalvos seleccionados y la enigmática clase de crustáceos Remipedia. El fracaso en la obtención de secuencias 18S de taxones individuales se considera un fenómeno común, pero rara vez se informa de ello. En segundo lugar, en contraste con las grandes esperanzas iniciales, el 18S no puede resolver nodos en todos los niveles taxonómicos y su eficacia varía considerablemente entre clados. Esto se ha discutido como un efecto de la rápida radiación antigua en períodos cortos. Actualmente se cree que los análisis multigénicos dan resultados más fiables para rastrear eventos de ramificación profunda en Metazoa, pero el 18S se sigue utilizando ampliamente en los análisis filogenéticos.