En el primer paso, el usuario tiene que seleccionar los archivos de proteínas (parte rígida) para el docking utilizando el botón de exploración, adyacente a la misma (Figura 3). Esto abre ventanas individuales para cada proteína, donde el usuario puede introducir los datos necesarios, incluyendo la parte flexible de la proteína y los parámetros de la rejilla optimizada (coordenadas del centro y tamaño de la caja) para la proteína respectiva, la exhaustividad y el número de poses de salida. En el segundo paso, después de completar la entrada de datos de la proteína, la carpeta que contiene todos los ligandos tiene que ser seleccionado.
Dar las coordenadas y los archivos flexibles a la interfaz.
Si los ligandos están en formato .pdb o .mol2, hay que convertirlos a formato .pdbqt antes de iniciar las simulaciones de docking (Figura 4).
Convierte el formato PDB o .mol2 a PDBQT.
En el último paso, haz clic en la pestaña RUN para iniciar el docking.
El progreso del experimento puede visualizarse en el cuadro de texto que aparece junto a la casilla «running receptor» y «running ligand», que reflejará los datos sobre el número de archivos acoplados y el número total de archivos presentados para el cribado. Una ventana emergente aparecerá en la pantalla, si el experimento se completa con éxito.
Entonces el usuario puede hacer clic en la opción «siguiente» para analizar los resultados. La siguiente es la metodología utilizada para el análisis de los resultados.
La eficiencia del ligando es un parámetro recientemente introducido para la selección de moléculas útiles en el cribado virtual de grandes conjuntos de datos de compuestos. Los ligandos pueden compararse eficazmente mediante un parámetro «eficiencia del ligando» que puede calcularse dividiendo el valor ΔG (puntuación de acoplamiento) obtenido en el experimento de acoplamiento por el número de átomos de no hidrógeno presentes en el ligando .
La eficiencia del ligando se calcula utilizando la siguiente ecuación
Donde ΔG = RT En Kd y N es el número de átomos de no hidrógeno.
Esto ayuda a relacionar la puntuación de acoplamiento con el tamaño del ligando. Los resultados se expresan como relación entre la LE del compuesto y la LE del estándar, como se muestra a continuación:
La selección del ligando se basa en las condiciones δLE > 1 o δLE ≥ m+3σ
Donde m = valor medio de δLE para todos los compuestos para una proteína objetivo determinada σ = desviación estándar
Los problemas que implican la interacción de los ligandos con las proteínas pueden dar lugar a resultados falsos positivos o falsos negativos. Recientemente se implementó con éxito un enfoque matemático utilizando la normalización de los resultados basados en la siguiente fórmula para resolver este problema . Lo mismo se implementa aquí para el análisis de los resultados obtenidos durante las simulaciones de docking.
Donde V = Nuevo valor de puntuación asignado al ligando
Vo = Valor de energía de unión obtenido en las simulaciones de docking
ML = Valor medio de puntuación obtenido para todos los ligandos para la proteína respectiva
MR = Valores medios de puntuación obtenidos para el ligando respectivo en todas las proteínas
En este análisis se seleccionaron los ligandos con valor V > 1 o V ≥ m+3σ. Donde m es la media de los valores V obtenidos para una proteína objetivo determinada y σ es la desviación estándar.
Tras la finalización del análisis, los resultados pueden localizarse en una carpeta llamada «tempdoc» creada en el disco C. Las carpetas denominadas result1, result 2, result 3 y result 4 indican los ligandos seleccionados en los análisis δLE (> 1), δLE (≥ m+3σ), V (> 1), y V (≥ m+3σ) respectivamente. Las puntuaciones completas del muelle y los resultados se pueden ver en el archivo «results.mdb» creado en la unidad C, donde los resultados fueron tabulados de una manera simple y directa para permitir al usuario, utilizar los datos para el análisis posterior (Figura 5).
Los resultados tabulados en el archivo results.mdb.
También se puede descargar un manual junto con los archivos necesarios para el tutorial. El usuario dispone de dos conjuntos de datos para acostumbrarse al software. Un conjunto de datos de 113 moléculas (archivo tutorial 2) se obtiene de los recursos marinos que tienen actividad de inhibidores de enzimas de proteínas quinasas se seleccionan y se acoplan contra 21 quinasas obtenidas del sitio web de RCSB. El software puede identificar con éxito los ligandos potenciales (consulte el archivo tutorial 2), en el que uno se considera como molécula potencial para el desarrollo de fármacos.
Disponibilidad y requisitos
Nombre del proyecto: AUDocker LE
Página de inicio del proyecto: https://sourceforge.net/projects/audocker/files/
Sistema operativo: Microsoft Windows XP y Windows 7
Lenguaje de programación: C# en .net framework
Otros requisitos: Preinstalación de Python 2.5, Microsoft .net frame work, AutoDockTools (cualquier última versión), Vina y PyMol. El usuario puede consultar los manuales de ADT, .net framework y Python para una correcta instalación y compatibilidades del sistema.
Licencia: Libre de uso
Cualquier restricción de uso por parte de personas no académicas: Ninguna