Los papeles relativos de la litotricia extracorpórea por ondas de choque y de la nefrostolitotomía percutánea son actualmente objeto de debate. Ambas modalidades de tratamiento son aplicables a la mayoría de los cálculos del tracto urinario superior. Sin embargo, existen algunas diferencias importantes entre las dos técnicas. En general, la litotricia extracorpórea por ondas de choque se asocia a una morbilidad significativamente menor que la nefrostolitotomía percutánea, pero las tasas de eliminación de cálculos son menores en la litotricia extracorpórea por ondas de choque que en la nefrostolitotomía percutánea. Esta diferencia es leve para los riñones con una carga mínima de cálculos, pero aumenta en proporción directa al aumento de la carga de cálculos. La morbilidad de la litotricia extracorpórea por ondas de choque también aumenta con el incremento de la carga de cálculos. Cuando se aplica al tratamiento de cálculos de tipo estafilocócico, la morbilidad de ambas técnicas es comparable, pero las tasas de ausencia de cálculos son significativamente mejores con la nefrostolitotomía percutánea.
El tratamiento con litotricia extracorpórea por ondas de choque produce cambios en el riñón similares a los de un traumatismo renal, que consisten principalmente en hemorragia y edema intraparenquimatoso y perirrenal. Aunque los efectos agudos de la litotricia extracorpórea por ondas de choque son bien tolerados por la mayoría de los pacientes, las secuelas a largo plazo de esta forma de tratamiento no están bien establecidas. Los posibles efectos adversos a largo plazo que se han notificado incluyen la pérdida de la función renal, la hipertensión y una mayor tasa de aparición de nuevos cálculos. El efecto de las ondas de choque sobre el parénquima renal en animales de experimentación depende de la dosis (número de ondas de choque). Las imágenes de resonancia magnética de los pacientes tratados con litotricia extracorpórea por ondas de choque demuestran anomalías morfológicas en el riñón o a su alrededor en el 63% al 85% de los casos (número medio de ondas de choque 1.200). A pesar de estas observaciones, todavía no se han establecido los límites de seguridad de la litotricia extracorpórea por ondas de choque en humanos. Se necesitan urgentemente más estudios sobre esta cuestión y sobre los posibles efectos adversos a largo plazo de la litotricia extracorpórea por ondas de choque.