La germinación hipogea implica que los cotiledones permanecen bajo el suelo. El epicótilo (parte del tallo por encima del cotiledón) crece, mientras que el hipocótilo (parte del tallo por debajo del cotiledón) mantiene la misma longitud. De este modo, el epicótilo empuja la plúmula por encima del suelo.
Normalmente, el cotiledón es carnoso y contiene muchos nutrientes que se utilizan para la germinación.
Debido a que el cotiledón permanece por debajo del suelo, es mucho menos vulnerable, por ejemplo, a las heladas nocturnas o al pastoreo. La estrategia evolutiva es que la planta produce un número relativamente bajo de semillas, pero cada semilla tiene más posibilidades de sobrevivir.
Las plantas que presentan una germinación hipogea necesitan relativamente pocos nutrientes externos para crecer, por lo que son más frecuentes en suelos pobres en nutrientes. Las plantas también necesitan menos luz solar, por lo que se encuentran más a menudo en medio de los bosques, donde hay mucha competencia para alcanzar la luz del sol.
Las plantas que muestran una germinación hipogea crecen con relativa lentitud, especialmente en la primera fase. En las zonas que se inundan regularmente, necesitan más tiempo entre las inundaciones para desarrollarse. En cambio, son más resistentes cuando se produce una inundación. Después de la primera fase más lenta, la planta se desarrolla más rápidamente que las plantas que muestran germinación epigeal.
Es posible que dentro de un mismo género una especie muestre germinación hipogea mientras que otra especie muestre germinación epigeal. Algunos géneros en los que esto ocurre son:
- Phaseolus: la judía corredora (Phaseolus coccineus) presenta germinación hipogea, mientras que la judía común (Phaseolus vulgaris) presenta germinación epigea
- Lilium: ver tipos de germinación de las semillas de lirio
- Araucaria: las especies de la sección Araucaria muestran una germinación hipogea, mientras que las especies de la sección Eutacta muestran una germinación epigea