Un enfoque alternativo a la regulación medioambiental es el de mando y control. Éste es mucho más prescriptivo que los instrumentos basados en el mercado. Los instrumentos reguladores de mando y control incluyen normas de emisiones, especificaciones de procesos/equipos, límites de entrada/salida/vertidos, requisitos de divulgación de información y auditorías. Los enfoques de mando y control han sido criticados por restringir la tecnología, ya que no habría incentivos para que las empresas innovaran. Los estudios empíricos han demostrado lo contrario; los cambios de precios externos pueden inducir la innovación, ya que las empresas se ven obligadas a hacer frente al fallo de mercado que supone la falta de inversión.
Los instrumentos basados en el mercado no prescriben que las empresas utilicen tecnologías específicas, ni que todas las empresas reduzcan sus emisiones en la misma medida, lo que permite a las empresas una mayor flexibilidad en sus enfoques de gestión de la contaminación. Sin embargo, los enfoques de mando y control pueden ser beneficiosos como punto de partida, cuando los reguladores se enfrentan a un problema importante pero tienen muy poca información para apoyar un instrumento basado en el mercado. Los enfoques de mando y control también pueden ser preferibles cuando los reguladores se enfrentan a un mercado escaso, en el que los limitados grupos comerciales potenciales significan que las ganancias de un instrumento basado en el mercado no superarían los costes (un requisito clave para el éxito de un enfoque basado en el mercado).
Los instrumentos basados en el mercado también pueden ser inapropiados para tratar las emisiones con impactos locales, ya que el comercio se limitaría a esa región. También pueden ser inapropiados para las emisiones con impactos globales, ya que la cooperación internacional puede ser difícil de conseguir.
Por una serie de razones, los defensores del medio ambiente se opusieron inicialmente al uso de instrumentos basados en el mercado, excepto en condiciones muy limitadas. Sin embargo, tras el éxito del uso de los créditos de libre comercio en la eliminación del plomo en Estados Unidos, los defensores del medio ambiente reconocieron que los mercados comerciales también tienen beneficios para el medio ambiente. Desde entonces, a partir de la propuesta del mercado de derechos de emisión por lluvia ácida, los defensores del medio ambiente han apoyado el uso del comercio en diversos contextos.