El reverendo Dr. William J. Simmons nació como esclavo en Charleston, Carolina del Sur, de Edward y Esther Simmons el 29 de junio de 1849. Cuando William era joven, su madre huyó de la esclavitud con sus tres hijos, William y sus dos hermanas Emeline y Anna. Inicialmente desembarcaron en Filadelfia, Pensilvania, y fueron recibidos por un tío llamado Alexander Tardiff, que los alojó, alimentó y educó a los niños. Debido a las presiones de los traficantes de esclavos, Tardiff trasladó a su familia a Roxbury, Pensilvania, Chester, Pensilvania, y finalmente se estableció en Bordentown, Nueva Jersey. Tardiff había recibido una educación del futuro obispo Daniel Payne y se comprometió a dar a Simmons y a sus hermanos una educación sobre esa base. De 1862 a 1864 William trabajó como aprendiz de dentista. Sirvió en el ejército de la Unión durante la Guerra Civil estadounidense, alistándose el 15 de septiembre de 1864 y cumpliendo un año de servicio. Participó en el asedio de Petersburgo, en la batalla de Hatcher’s Run y en la de Appomattox Court House, y estuvo presente en la rendición del general confederado Robert E. Lee. Tras la guerra, volvió a la odontología. En 1867, se convirtió al bautismo y se unió a una iglesia bautista blanca en Bordentown, cuyo pastor era el reverendo J. W. Custis. La congregación le ayudó en la universidad. Asistió a la Universidad de Madison (actual Universidad Colgate, graduada en 1868), a la Universidad de Rochester y a la Universidad de Howard, de la que se licenció en 1873. Como estudiante, trabajó brevemente en Washington D.C. en la escuela de Hillsdale. En Hillsdale, se alojó con el empleado del Instituto Smithsoniano, Solomon G. Brown. Después de graduarse, se trasladó a Arkansas por consejo de Horace Greeley para ser profesor allí, pero volvió a Hillsdale poco después, donde enseñó hasta junio de 1874.
El verano siguiente, se casó con Josephine A. Silence el 25 de agosto de 1874 y se trasladó a Ocala, Florida. La pareja tuvo siete hijos, Josephine Lavinia, William Johnson, Maud Marie, Amanda Moss, Mary Beatrice, John Thomas y Gussie Lewis. En Florida, invirtió en tierras para cultivar naranjas, se convirtió en director del programa de formación de profesores de la Academia Howard y fue pastor de una iglesia, secretario adjunto del condado y comisionado del condado. Hizo campaña por el republicano Rutherford B. Hayes. Ejerció su cargo hasta 1879. Ese año se ordenó y se trasladó a Lexington, Kentucky, donde fue pastor de la Primera Iglesia Bautista. Al año siguiente, se convirtió en el segundo presidente del Instituto Normal y Teológico de Kentucky, donde trabajó durante una década. Con el tiempo, la escuela pasó a llamarse Universidad Estatal de Louisville y, posteriormente, Simmons College of Kentucky, debido a la progresión de las escuelas bajo su mandato. Le sucedió en 1894 en el Simmons College Charles L. Purce.
En Kentucky fue elegido durante varios años presidente de la Convención Estatal de Hombres de Color. El 29 de septiembre de 1882 fue elegido editor de la revista American Baptist, donde criticó los fracasos de ambos partidos políticos a la hora de apoyar a los negros en sus derechos civiles y su progreso. También fue presidente de la American Baptist Company. En 1886 fue elegido, por encima de T. Thomas Fortune, presidente de la Asociación de Prensa de Color, tras haber perdido ante W. A. Pledger el año anterior. En 1883, Simmons organizó la Convención Educativa de Mujeres Bautistas, y en 1884, Blanche Bruce nombró a Simmons comisionado del estado de Kentucky en la Feria Mundial de 1884 en Nueva Orleans. En 1886, organizó y fue elegido presidente de la Convención Nacional Bautista Americana. La convención fue un llamamiento a la unidad de los bautistas afroamericanos y también fue dirigida por Richard DeBaptiste y contó con notables presentaciones de Solomon T. Clanton y James T. White. En 1889, en Indianápolis, Simmons fue uno de los líderes de la Convención Nacional Bautista Americana y escribió una resolución para proporcionar ayuda a los negros que huían de la violencia en el Sur y se trasladaban al Norte.
Simmons recibió una maestría honoraria de la Universidad Howard en 1881 y un doctorado honorario de la Universidad Wilberforce en 1885. En 1887, publicó un libro titulado Men of Mark: Eminent, Progressive and Rising (Hombres de marca: eminentes, progresistas y ascendentes), en el que se destacan las vidas de 172 hombres afroamericanos prominentes, mientras se desempeñaba como presidente de la escuela. Estaba trabajando en una edición hermana del título que destacaría las vidas y los logros de destacadas mujeres afroamericanas anteriores a 1900, pero desgraciadamente murió antes de su finalización. Murió el 30 de octubre de 1890 en Louisville, Kentucky.