Alexander McGillivray asui 14-vuotiaaksi asti isänsä kauppapaikalla Tallapoosa-joella. Hänen äitinsä kuului creek-intiaanien klaaniin ja oli puoliksi ranskalainen; hänen isänsä, skotti, oli kauppias, jolla oli poliittista vaikutusvaltaa creekien keskuudessa. Vuonna 1773 McGillivray lähti Charlestoniin, S.C:hen, ja sitten Savannahiin, Ga:han, jossa hän sai hyvän koulutuksen. Sen jälkeen hän työskenteli kauppaliikkeessä ja jatkoi historian opiskelua.
Amerikan vallankumouksen aikana McGillivrayn isä palveli briteissä. Koska hän oli lojaali, hänen omaisuutensa takavarikoitiin, ja hän pakeni Skotlantiin; McGillivray palasi äitinsä luokse. Sodan jälkeen McGillivrayn liittoutumisella brittiläisten kauppiaiden kanssa Espanjan Floridassa amerikkalaisia vastaan oli suuri merkitys, sillä hänen äitinsä kuoltua neuvosto valitsi hänet heimonsa johtajaksi. Pian häntä kutsuttiin Creek-kansan keisariksi, mikä oli hänelle mieluinen titteli.
McGillivrayn tavoitteena oli muodostaa eteläisten intiaanien liitto ja käyttää Englannin ja Espanjan apua pakottaakseen Yhdysvallat vetäytymään Georgiasta, Kentuckysta ja Tennesseestä. Vuonna 1784 hän allekirjoitti Espanjan kanssa sopimuksen, jossa hänestä tehtiin eversti 50 dollarin kuukausipalkalla. Vastineeksi Espanja monopolisoisi kaupankäynnin kreikkalaisten kanssa, ja McGillivrayn oli määrä karkottaa amerikkalaiset.
Vihaten amerikkalaisia, jotka olivat takavarikoineet hänen perheensä omaisuuden, McGillivray aloitti sodan Yhdysvaltoja vastaan; pian käytiin taisteluita Georgiasta Tennin osavaltion Cumberlandiin. Tämä sota oli niin menestyksekäs, että vuonna 1787 kongressin edustaja vieraili McGillivrayn luona. Mahdollisesti creek-päällikkö ehdotti, että creekit järjestäytyisivät ja hyväksyttäisiin omaksi osavaltioksi. Samana vuonna espanjalaiset lakkasivat toimittamasta ammuksia McGillivraylle. Toimitukset jatkuivat vuonna 1789, mutta espanjalaiset eivät enää koskaan täysin luottaneet häneen.
Vahvemman Yhdysvaltain hallituksen järjestäytyessä presidentti George Washington lähetti agentteja neuvottelemaan kreikkalaisten kanssa. Ensimmäinen yritys epäonnistui. Vuonna 1790 McGillivray saatiin kuitenkin suostuteltua matkustamaan New Yorkiin; siellä hän irtisanoutui Espanjan kanssa tekemästään sopimuksesta ja allekirjoitti Yhdysvaltojen kanssa sopimuksen, jossa luovutettiin joitakin creekkien maita ja tehtiin hänestä prikaatikenraali, jonka palkka oli 1200 dollaria vuodessa. Tuloillaan McGillivraysta tuli kolmen plantaasin ja 60 orjan omistaja.
Pian palattuaan New Yorkista McGillivray teki Espanjan kanssa uuden sopimuksen, jossa hän hylkäsi New Yorkin sopimuksen; hän sai espanjalaisilta 2 000 dollaria vuodessa (korotettiin myöhemmin 3 500 dollariin vuodessa). Hän kuoli kuumeeseen 17. helmikuuta 1793 neuvotellessaan espanjalaisten kanssa uuden intiaaniliiton perustamisesta Yhdysvaltoja vastaan.
Hän kuoli kuumeeseen.