Procedures for the Analysis of Comparative Data Using Phylogenetically Independent Contrasts

Keskustelemme ja selkiytämme useita näkökohtia, jotka liittyvät Felsensteinin (1985, Am. Nat. 125: 1-15) proseduurien soveltamiseen, kun tarkoituksena on testata jatkuvien ominaisuuksien korreloitunutta kehitystä. Tämä on yksi useista käytettävissä olevista vertailevista menetelmistä, jotka kartoittavat fenotyyppisten ominaisuuksien tietoja olemassa olevaan fylogeneettiseen puuhun (joka on johdettu riippumattomista tiedoista). Felsensteinin menetelmän soveltaminen ei edellytä täysin kaksijakoista topologiaa. Se ei myöskään edellytä oletusta asteittaisesta, kellonaikaisesta luonteen evoluutiosta, jota voitaisiin mallintaa Brownin liikkeellä. Lähes mitä tahansa saatavilla olevaa tietoa voidaan käyttää haarojen pituuksien arvioimiseen (esim. geneettiset etäisyydet, fossiileista tai molekyylikelloista arvioidut eroamisajat, kladistisesta analyysistä saatujen luonteenmuutosten määrä). Ehdotettujen haarojen pituuksien riittävyys tilastollisiin tarkoituksiin on kuitenkin tarkistettava empiirisesti kunkin fytogeneesin ja kunkin merkin osalta. Ehdotamme yksinkertaista tapaa tehdä tämä, joka perustuu standardoitujen riippumattomien kontrastien ja niiden keskihajontojen (eli haarojen pituuksien summien neliöjuurien) graafiseen analyysiin. Joissakin tapauksissa haarojen pituudet ja/tai tutkittavien ominaisuuksien arvot edellyttävät muunnosta. Esitetään esimerkki nisäkkäiden kotiseutualueen pinta-alan skaalauksesta. Riittävän vakioinnin jälkeen riippumattomien kontrastien sarjat voidaan analysoida käyttämällä joko lineaarista tai epälineaarista (moninkertaista) regressiota. Kaikissa tapauksissa regressiot (tai korrelaatiot) on kuitenkin laskettava origon kautta. Keskustelemme myös tavoista korjata ruumiinkoon vaikutuksia ja siitä, miten tämä liittyy standardoitujen riippumattomien kontrastien suhteiden graafisiin esityksiin. Lopuksi tarkastelemme, minkä tyyppisiä ominaisuuksia voidaan analysoida riippumattomien kontrastien menetelmillä, ja päätämme, että mikä tahansa (jatkuva) ominaisuus, joka periytyy esi-isiltä, soveltuu analysoitavaksi riippumatta periytymismekanismista (esim. geneettinen tai kulttuurinen).