Tapaus 1
Ruokatorven syöpäpotilaalla, jolla diagnosoitiin S. haliotis keuhkotulehdus.
68-vuotias miespotilas otettiin Liaochengin kaupungin, Kiina, kansansairaalaan 24. heinäkuuta 2016 ”4 tuntia kestäneen hematemesiksen” vuoksi. Hänellä oli diagnosoitu ruokatorven syöpäleikkaus yli 2 vuoden ajan. Hänen vastaanotettujen fyysisten tutkimustensa mukaan ruumiinlämpö oli 36,3 °C, pulssi 92 lyöntiä/min, hengitys 22 kertaa/min ja verenpaine 135/80 mmHg. Molemminpuoliset kaulan ja supraklavikulaaristen imusolmukkeiden palpoimaton laajentuma, henkitorvi keskellä, rintakehän symmetrisyys, näkyvät arvet oikeassa rintakehässä, selvä perkussionaalinen ääni kaksoiskeuhkossa, auskultaatiossa karkea hengitysääni, ei kuivia ja märkiä rytmihäiriöitä, säännöllinen rytmi, perkussionaalinen ääni ei kipua munuaisten alueella, negatiivinen nihkeän tylsyyden ja suolistoäänien osalta 3 kertaa minuutissa. Hänen sisäänottodiagnoosinsa oli ruokatorven syöpä leikkauksen jälkeen ja hypertensio. Vastaanotolla tehtiin lisätutkimuksia hematemesiksen lähteen selvittämiseksi. Kivuton mahalaukun tähystys tehtiin, mutta mitään selviä poikkeavuuksia ei havaittu. Kivuttomassa bronkoskooppitutkimuksessa todettiin vasemman alalohkon takimmaisen tyvisegmentin verenvuoto. Harjauspatologia ei osoittanut selviä kasvainsoluja. Rintakehän ja vatsan tehostettu tietokonetomografiakuvaus osoitti, että hänellä oli ruokatorven leikkaus, keuhkoputkentulehdus ja keuhkolaajentuma, oikean keuhkolohkon keskilohkon kyhmyjä, oikean ylälohkon ja vasemman alalohkon interstitiaalisia leesioita ja vasemman keuhkolohkon alaluomen tulehdus. Hän sai lääkkeitä (3 g kefoperatsonia/sulbaktaamia annettiin kahdesti päivässä 6 päivän ajan) ja syöpälääkitystä, tulehduskipulääkitystä, nesteytystä ja hemostaasia. Kuuden päivän hoidon jälkeen hänen oireensa paranivat, ja potilas kotiutettiin sairaalasta.
Bronkoalveolaarinen huuhteluneste (BALF) kerättiin, kun hänet tutkittiin kivuttomasti keuhkoputkien tähystyksessä, ja solujen määrä oli yli 104 cfu/ml. Näyte inokuloitiin viiruina veriagar-alustalle bakteeriviljelyä varten. Erilaisia fenotyyppisiä piirteitä verilevyillä omaavat kannat eristettiin ja tunnistettiin S. leviksi, Escherichia coliksi ja Klebsiella pneumoniaeksi VITEK 2 -järjestelmällä ID-GN-korttia (boiMérieux) käyttäen. Koska VITEK 2 -järjestelmän tietokantaan oli rekisteröity vain kaksi Shewanella-lajia, S. putrefaciens ja S. algae, 16S rRNA -geenin sekvenssi monistettiin aiemmin kuvatulla PCR:llä . PCR-tuote sekvensoitiin, ja nukleotidisekvenssi talletettiin GenBankiin liittymisnumerolla MF589233. GenBankin 16S rRNA -geenisekvenssin BLAST-analyysi osoitti 99,0 prosentin samankaltaisuutta S. haliotis DW01 -tyyppikannan kanssa (liittymisnumero NR_117770.1). Fylogeneettinen analyysi kaikkien GenBank-tietokannassa saatavilla olevien Shewanella-lajien tyyppisekvenssien kanssa vahvisti, että kanta tunnistettiin S. haliotis -lajiksi (LC2016-1 kuvassa 1).
Fylogeneettinen puu, joka on muodostettu naapuriliitosmenetelmällä 16S rRNA -geenin nukleotidisekvenssien perusteella. Fylogeneettinen puu rakennettiin 1427 nt:n pituisesta kohdistuksesta, ja kaikki tunnetut Shewanella-lajien tyyppikannat otettiin mukaan. Solmujen kohdalla olevat numerot osoittavat bootstrap-arvot (prosenttiosuus 1000 toistosta). Palkki, 10 substituutiota nukleotidipaikkaa kohti. Lihavoitu fontti osoitti tapauksen I ja II kannat. 16S rRNA -geenin sekvenssien GenBank-liittymänumerot olivat suluissa. Musta kolmio koostui viidestäkymmenestäneljästä Shewanella-lajista. Lajien nimet ja 16S rRNA -geenisekvenssien GenBank-liittymisnumerot oli lueteltu lisätiedostossa 1: Taulukko S1
Vahvistaaksemme tarkemmin BALF:n bakteeriyhteisön koostumuksen ja rikkauden, näytteelle tehtiin 16S rRNA-amplikonisekvensointi . Tulos osoitti, että bakteeriyhteisön koostumukseen kuuluivat muun muassa Shewanella- (88,34 %), Escherichia- (11,11 %) ja Streptococcus- (0,38 %) suvut, kun taas suurin osa suvuista oli Shewanella.
Antibioottiherkkyystestaus suoritettiin mikrolisäysmenetelmällä Mueller-Hinton-liemellä. Kanta oli herkkä piperasilliinille/tatsobaktaamille (minimaalinen inhiboiva pitoisuus, MIC: 8 μg/ml), keftatsidiimille (1 μg/ml), kefepiimille (1 μg/ml), amikasiinille (2 μg/ml), gentamisiinille (1 μg/ml), imipeneemille (4 μg/ml) ja meropeneemille (4 μg/ml), mutta se oli resistentti siprofloksasiinille (8 μg/ml) ja levofloksasiinille (8 μg/ml).
Tapaus 2
Mahasyöpäpotilas, jolla diagnosoitiin S. algae -bakteeremia.
56-vuotias mies otettiin vastaan Liaochengin kaupungin (Kiina) kansansairaalaan 6.10.2016 ”1 kuukauden ajan jatkuneen ylävatsakivun” vuoksi. Hänen vastaanotettu fyysinen tutkimus sisälsi ruumiinlämpö 36,1 astetta, pulssi 72 lyöntiä/min, hengitys 18 kertaa/min ja verenpaine 140/90 mmHg. Kahdenvälisissä kaulan ja solisluun yläpuolisissa imusolmukkeissa havaittiin palpoimaton laajentuma, vatsa oli litteä, eikä ruoansulatuskanavan tai peristaltiikan aaltoja havaittu. Pehmeät vatsalihakset, lievää arkuutta ylävatsassa eikä selvää rebound-kipua raportoitu. Maksa ja perna eivät koskettaneet kylkiluun alla, eikä tunnusteltavaa massaa havaittu. Negatiivinen siirtymävaiheen tylsyys, normaalit suoliäänet eikä peräsuolen tutkimuksessa havaittu mitään poikkeavaa. Gastroskooppi viittasi näkyviin haavaumavaurioihin sydämen kohdalla, jotka koskivat mahalaukun pohjaa ja mahalaukun runkoa. Patologiset tulokset osoittivat adenokarsinoomaa. Hänen sisäänpääsydiagnoosinsa olivat mahasyöpä ja hypertensio.
Vastaanotolla lisätutkimukset suoritettiin 9.10.2016. Laparoskopia osoitti, että hänellä oli myöhäisvaiheen kasvaimia ilman radikaalia resektiota. Sen jälkeen hän sai suonensisäistä ja vatsakalvon sisäistä kemoterapiaa, minkä jälkeen seurasi vaikea luuytimen suppressio, jossa verisolut ja verihiutaleet olivat huomattavasti normaalia pienemmät. Hän sai jatkohoitona infektioiden torjuntaa, ravitsemuksellista tukea, nesteytystä, granulopoieesin stimulointia ja oireenmukaista hoitoa. Lokakuun 26. päivänä 2016 potilailla oli hengenahdistusta, sydämen sykettä ja muita oireita, joissa keuhkojen hengitysäänet kuulostivat karkeilta, eikä rales, raajat kylmät. Häntä pidettiin septisen sokin olemassaolosta. Hänelle annettiin ei-invasiivinen mekaaninen ventilaatio ja nesteen laajentaminen, kolloidi, verensiirtotuotteet, anti-infektio (1 g imipeneemiä annettiin 8 tunnin välein 7 päivän ajan), verenkierron ylläpitäminen, happosuppressio, maksan suojaaminen, ravitsemuksellinen tuki, veden ja elektrolyyttien happo-emästasapainon ylläpito, verenpaineen, sykkeen, hengitystoiminnan, virtsan tilavuuden ja verenvuodon seuranta. Potilaalla oli vakava infektio ja useiden elinten toimintahäiriöoireyhtymä (hengitys, verenkierto, ruoansulatuskanava, veri ja munuaiset). Potilas ja hänen perheenjäsenensä vaativat automaattista kotiuttamista saattohoitoon. Hänen kotiutusdiagnoosinsa olivat useiden elinten toimintahäiriöoireyhtymä (hengitys, verenkierto, ruoansulatuskanava, veri ja munuaiset), mahasyöpä ja verenpainetauti.
Septisen sokin ilmaannuttua hänen veriviljelynäytteensä otettiin bakteerien erottamiseksi. Mikrobikasvua havaittiin sekä anaerobisissa että aerobisissa pulloissa, ja positiiviseksi ilmoitettu aika oli 8,1 ja 11,9 tuntia. Molemmista pulloista löytyi yhtenäinen gramnegatiivinen bakteeri. Veriagarilla kasvoi 24 tunnin inkubaation jälkeen hemolyyttisiä, oksidaasipositiivisia keltaisia pesäkkeitä. Kanta tunnistettiin S. putrefaciensiksi VITEK 2 -järjestelmällä ID-GN-korttia (boiMérieux) käyttäen. Kannan 16S rRNA -geenisekvenssi oli talletettu GenBankiin (liittymisnumero: MF589234). BLAST-analyysi GenBankissa osoitti 100,0 prosentin samankaltaisuutta S. upenei -kannan VITVAGJ (liittymisnumero KP090164.1) kanssa. Fylogeneettinen analyysi kaikkien GenBank-tietokannassa saatavilla olevien Shewanella-lajien tyyppisekvenssien kanssa vahvisti, että kanta kuului S. upenei -lajiin (LC2016-5 kuvassa 1). Verinäytteenottopäivänä kerättiin myös hänen vatsakalvotyhjennysnestettään ja viljeltiin samoilla tunnistusmenetelmillä, ja bakteerien tunnistustulokset ja lääkeherkkyys olivat yhdenmukaiset veren tulosten kanssa.
Antibioottiherkkyystestaus suoritettiin mikrolaimennusmenetelmällä Mueller-Hinton-liemellä. Kanta oli herkkä atstreonaamille (1 μg/ml), keftatsidiimille (1 μg/ml), kefepiimille (1 μg/ml) ja amikasiinille (2 μg/ml), gentamysiini (1 μg/ml) ja levofloksasiini (1 μg/ml), mutta oli keskitasoa verrattuna imipeneemiin (8 μg/ml), piperasilliini/tatsobaktaamiin (64 μg/ml) ja siprofloksasiiniin (2 μg/ml).