Le gène de la petite sous-unité (SSU) de l’ARNr 18S est l’un des gènes les plus fréquemment utilisés dans les études phylogénétiques et un marqueur important pour la réaction en chaîne par polymérase (PCR) à cible aléatoire dans le dépistage de la biodiversité environnementale. En général, les séquences du gène de l’ARNr sont faciles d’accès en raison des régions flanquantes hautement conservées qui permettent l’utilisation d’amorces universelles. Leur disposition répétitive au sein du génome fournit des quantités excessives d’ADN matrice pour la PCR, même dans les plus petits organismes. Le gène 18S fait partie du noyau fonctionnel ribosomal et est exposé à des forces sélectives similaires chez tous les êtres vivants. Ainsi, lorsque les premières études phylogénétiques à grande échelle basées sur les séquences 18S ont été publiées (par exemple par Field et al., 1988), le gène a été célébré comme le candidat principal pour reconstruire l’arbre de vie des métazoaires. Les séquences 18S ont par la suite fourni des preuves de la scission des clades Ecdysozoa et Lophotrochozoa (groupe monophylétique d’organismes composé d’un ancêtre commun et de tous ses descendants linéaires), contribuant ainsi au changement révolutionnaire le plus récent dans notre compréhension des relations entre métazoaires.
Au cours de la dernière partie des années 2000, et avec l’augmentation du nombre de taxons inclus dans les phylogénies moléculaires, deux problèmes sont toutefois devenus apparents. Premièrement, il y a des obstacles de séquençage prédominants chez les représentants de certains taxons, tels que les classes de mollusques Solenogastres et Tryblidia, certains taxons de bivalves, et la classe énigmatique de crustacés Remipedia. L’impossibilité d’obtenir des séquences 18S d’un seul taxon est considérée comme un phénomène courant mais rarement signalé. Deuxièmement, contrairement aux grands espoirs initiaux, le 18S ne peut pas résoudre les nœuds à tous les niveaux taxonomiques et son efficacité varie considérablement entre les clades. Cela a été discuté comme un effet de la radiation ancienne rapide dans de courtes périodes. On pense actuellement que les analyses multigéniques donnent des résultats plus fiables pour retracer les événements d’embranchement profonds chez les Métazoaires, mais le 18S est encore largement utilisé dans les analyses phylogénétiques.