Arrière et aujourd’hui : utilisation du séquençage du gène de l’ADNr 16S pour l’identification bactérienne et la découverte de nouvelles bactéries dans les laboratoires de microbiologie clinique

Au cours de la dernière décennie, en raison de l’utilisation généralisée de la PCR et du séquençage de l’ADN, le séquençage de l’ADNr 16S a joué un rôle central dans l’identification précise des isolats bactériens et la découverte de nouvelles bactéries dans les laboratoires de microbiologie clinique. Pour l’identification bactérienne, le séquençage de l’ADNr 16S est particulièrement important dans le cas de bactéries présentant des profils phénotypiques inhabituels, de bactéries rares, de bactéries à croissance lente, de bactéries non cultivables et d’infections à culture négative. Non seulement il a permis de mieux comprendre les étiologies des maladies infectieuses, mais il aide également les cliniciens à choisir les antibiotiques et à déterminer la durée du traitement et les procédures de contrôle des infections. Grâce au séquençage de l’ADNr 16S, 215 nouvelles espèces bactériennes, dont 29 appartiennent à de nouveaux genres, ont été découvertes à partir de spécimens humains au cours des sept dernières années du 21e siècle (2001-2007). Cent des 215 nouvelles espèces, dont 15 appartenant à de nouveaux genres, ont été découvertes chez quatre sujets ou plus. Le plus grand nombre de nouvelles espèces découvertes appartenait aux genres Mycobacterium (n = 12) et Nocardia (n = 6). La cavité orale/les spécimens liés aux dents (n = 19) et le tractus gastro-intestinal (n = 26) étaient les sites les plus importants pour la découverte et/ou les réservoirs de nouvelles espèces. Parmi les 100 nouvelles espèces, Streptococcus sinensis, Laribacter hongkongensis, Clostridium hathewayi et Borrelia spielmanii ont été caractérisés de la manière la plus approfondie, avec des réservoirs et des voies de transmission documentés, et S. sinensis, L. hongkongensis et C. hathewayi ont été trouvés dans le monde entier. L’automatisation de la technologie est l’un des principaux obstacles à l’utilisation systématique du séquençage de l’ADNr 16S dans les laboratoires de microbiologie clinique. La seule étape qui peut être automatisée à l’heure actuelle est l’entrée de la séquence d’ADNr 16S de l’isolat bactérien à identifier dans l’un des logiciels qui générera le résultat de l’identité de l’isolat sur la base de sa base de données de séquences. Cependant, les études sur la précision des progiciels ont donné des résultats très variés, et l’interprétation des résultats reste difficile pour la plupart des techniciens, et même pour les microbiologistes cliniques. Pour utiliser pleinement le séquençage de l’ADNr 16S en microbiologie clinique, de meilleures directives sont nécessaires pour l’interprétation des résultats d’identification, et des méthodes supplémentaires/supplémentaires sont nécessaires pour les espèces bactériennes qui ne peuvent pas être identifiées avec confiance par le seul séquençage de l’ADNr 16S.