Dans la première étape, l’utilisateur doit sélectionner les fichiers de protéines (partie rigide) pour le docking en utilisant le bouton browse, adjacent à celui-ci (Figure 3). Cela ouvre des fenêtres individuelles pour chaque protéine, où l’utilisateur peut entrer les données nécessaires, y compris la partie flexible de la protéine et les paramètres de grille optimisés (coordonnées centrales et taille de la boîte) pour la protéine respective, l’exhaustivité et le nombre de poses de sortie. Dans la deuxième étape, après avoir terminé la saisie des données de la protéine, le dossier contenant tous les ligands doit être sélectionné.
Donner les coordonnées et les fichiers flex à l’interface.
Si les ligands sont au format .pdb ou .mol2, ils doivent être convertis au format .pdbqt avant de lancer les simulations de docking (Figure 4).
Convertir le formulaire de PDB ou .mol2 au format PDBQT.
Dans la dernière étape, cliquez sur l’onglet RUN pour lancer le docking.
La progression de l’expérience peut être visualisée dans la boîte de texte donnée contre la boîte « running receptor » et « running ligand » qui reflètera les données sur le nombre de fichiers dockés et le nombre total de fichiers soumis au criblage. Une fenêtre pop up apparaît à l’écran si l’expérience est terminée avec succès.
L’utilisateur peut alors cliquer sur l’option « next » pour analyser les résultats. La méthodologie suivante est utilisée pour l’analyse des résultats.
L’efficacité du ligand est un paramètre récemment introduit pour la sélection de molécules principales utiles dans le criblage virtuel de grands ensembles de données de composés. Les ligands peuvent être comparés efficacement par un paramètre « efficacité du ligand » qui peut être calculé en divisant la valeur ΔG (score de docking) obtenue dans l’expérience de docking par le nombre d’atomes non hydrogène présents dans le ligand .
L’efficacité du ligand est calculée à l’aide de l’équation donnée ci-dessous
Où ΔG = RT In Kd et N est le nombre d’atomes non-hydrogène.
Cela permet de relier le score de docking avec la taille du ligand. Les résultats sont exprimés sous forme de rapport entre l’EL du composé et l’EL de l’étalon, comme indiqué ci-dessous :
La sélection du ligand est basée sur les conditions δLE > 1 ou δLE ≥ m+3σ
Où m = valeur moyenne de. δLE pour tous les composés pour une cible protéique donnée σ = écart-type
Les problèmes impliquant l’interaction des ligands avec les protéines peuvent entraîner des résultats faux positifs ou faux négatifs. Récemment, une approche mathématique a été mise en œuvre avec succès en utilisant la normalisation des résultats basés sur la formule suivante pour résoudre ce problème . La même est mise en œuvre ici pour l’analyse des résultats obtenus lors des simulations de docking.
Où V = Nouvelle valeur de score attribuée au ligand
Vo = Valeur d’énergie de liaison obtenue lors des simulations de docking
ML. = Valeur de score moyenne obtenue pour tous les ligands pour la protéine respective
MR = Valeurs de score moyennes obtenues pour le ligand respectif dans toutes les protéines
Dans cette analyse, les ligands ayant une valeur V > 1 ou V ≥ m+3σ ont été sélectionnés. Où m est la moyenne des valeurs V obtenues pour une protéine cible donnée et σ est l’écart type.
Après l’achèvement de l’analyse, les résultats peuvent être situés dans un dossier nommé « tempdoc » créé dans le lecteur C. Les dossiers nommés result1, result 2, result 3 et result 4 indiquent les ligands sélectionnés dans l’analyse δLE (> 1), δLE (≥ m+3σ), V (> 1) et V (≥ m+3σ) respectivement. Les scores d’amarrage complets et les résultats peuvent être vus dans le fichier « results.mdb » créé dans le C-drive, où les résultats ont été tabulés d’une manière simple et directe pour laisser l’utilisateur, utiliser les données pour une analyse plus approfondie (Figure 5).
Les résultats tabulés dans le fichier results.mdb.
Un manuel est également disponible en téléchargement avec les fichiers requis pour le tutoriel. L’utilisateur est fourni avec deux jeux de données pour se familiariser avec le logiciel. Un ensemble de données de 113 molécules (fichier didacticiel 2) est obtenu à partir des ressources marines ayant une activité d’inhibiteur de l’enzyme protéine kinase sont sélectionnés et dockés contre 21 kinases obtenues à partir du site Web RCSB. Le logiciel peut identifier avec succès des ligands potentiels (veuillez consulter le fichier tutorial 2), parmi lesquels un est considéré comme une molécule potentielle pour le développement de médicaments .
Disponibilité et exigences
Nom du projet : AUDocker LE
Page d’accueil du projet : https://sourceforge.net/projects/audocker/files/?
Système d’exploitation : Microsoft Windows XP et Windows 7
Langage de programmation : C# sur .net framework
Autres exigences : Préinstallation de Python 2.5, du cadre Microsoft .net, d’AutoDockTools (toute dernière version), de Vina et de PyMol. L’utilisateur peut consulter les manuels d’ADT, du cadre .net et de Python pour une installation réussie et les compatibilités du système.
Licence : Libre d’utilisation
Restrictions éventuelles à l’utilisation par des non-universitaires : Aucune