La germination hypogée implique que les cotylédons restent sous le sol. L’épicotyle (partie de la tige située au-dessus du cotylédon) grandit, tandis que l’hypocotyle (partie de la tige située sous le cotylédon) conserve la même longueur. De cette façon, l’épicotyle pousse la plumule au-dessus du sol.
Normalement, le cotylédon est charnu, et contient de nombreux nutriments qui sont utilisés pour la germination.
Parce que le cotylédon reste sous le sol, il est beaucoup moins vulnérable par exemple au gel nocturne ou au pâturage. La stratégie évolutive est que la plante produit un nombre relativement faible de graines, mais chaque graine a une plus grande chance de survivre.
Les plantes qui présentent une germination hypogée ont besoin de relativement peu de nutriments externes pour se développer, elles sont donc plus fréquentes sur les sols pauvres en nutriments. Les plantes ont également besoin de moins de lumière solaire, on les trouve donc plus souvent au milieu des forêts, où il y a beaucoup de concurrence pour atteindre la lumière du soleil.
Les plantes qui présentent une germination hypogée se développent relativement lentement, surtout dans la première phase. Dans les zones régulièrement inondées, elles ont besoin de plus de temps entre les inondations pour se développer. D’autre part, elles sont plus résistantes lorsqu’une inondation a lieu. Après la première phase plus lente, la plante se développe plus rapidement que les plantes qui présentent une germination épigée.
Il est possible que dans un même genre une espèce présente une germination hypogée alors qu’une autre espèce présente une germination épigée. Certains genres dans lesquels cela se produit sont :
- Phaseolus : le haricot coureur (Phaseolus coccineus) présente une germination hypogée, alors que le haricot commun (Phaseolus vulgaris) présente une germination épigée
- Lilium : voir Types de germination des graines de lis
- Araucaria : les espèces de la section Araucaria présentent une germination hypogée, alors que les espèces de la section Eutacta présentent une germination épigée
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