L’exploitation forestière sélective est la pratique consistant à ne retirer qu’une ou deux espèces d’arbres d’une certaine zone. Comme mentionné précédemment, l’abattage sélectif est une méthode plus efficace par rapport à la coupe à blanc, mais il y a toujours des impacts négatifs. L’exploitation sélective dans la forêt amazonienne est passée d’une récolte de faible volume d’une ou deux espèces à un système permettant d’exploiter plusieurs espèces tout en restant rentable. C’est l’une des nombreuses utilisations des terres dans les zones frontalières en développement de l’Amazonie. Cependant, la croissance de cette industrie n’est pas corrélée à une gestion efficace et à de meilleures techniques d’exploitation. Bien qu’il existe de nombreuses avancées dans la gestion forestière, telles que l’exploitation forestière à impact réduit (EIR), elles n’ont pas été largement adoptées. Plusieurs raisons expliquent pourquoi les techniques d’abattage sélectif nuisibles sont préférées à l’EFI : droits de propriété mal définis, coûts de transaction élevés pour le gouvernement et manque d’informations accessibles sur les techniques de gestion forestière. Le RIL affecte également la régénération des arbres parce qu’il crée des espaces de canopée plus petits qui limitent la lumière naturelle dont les arbres en régénération ont besoin pour survivre.
Deux façons d’obtenir la permission d’exploiter les forêts en Amazonie brésilienne sont les plans de gestion forestière réglementés par les politiques et la déforestation. Près de 15 millions de m3 de bois ont été enregistrés par le biais de ces permissions entre 2000 et 2004 mais plus de 24 millions de mètres cubes (850×106 cu ft) ont été enregistrés entre 1998 et 2004. Une grande partie de la production de ces années provient de l’exploitation illégale des forêts. L’exploitation forestière illégale entraîne une perte de recettes fiscales pour le gouvernement et une faible progression économique dans les secteurs liés à l’exploitation forestière. En outre, l’exploitation illégale entraîne un appauvrissement des forêts, une perte de biodiversité et une probabilité accrue d’incendie.
L’intensité à laquelle toutes les opérations d’exploitation forestière sont récoltées a un effet direct sur l’avancement écologique. Dans un premier temps, le couvert forestier diminue en raison de l’exploitation sélective, ce qui entraîne un ralentissement de la croissance de la forêt, des processus hydrologiques et de l’approvisionnement en nourriture. En plus d’altérer la structure de la forêt, l’abattage sélectif modifie également le cycle du carbone et d’autres processus biogéochimiques clés qui contribuent à contrôler et à maintenir la productivité de la forêt. Les effets de l’exploitation forestière sélective peuvent être décomposés en trois composantes principales : les dommages au sol résultant des opérations de récolte, les tendances temporelles de la fraction de la trouée de la canopée au sein de chaque catégorie de dommages au sol, et les changements temporels de la fraction de la trouée résultant des arbres abattus. La fraction de trouée de la canopée est l’effet intégré de plusieurs propriétés biophysiques dépendant de l’échelle qui fournissent des informations sur l’ouverture de la canopée après une coupe sélective. Les pistes sont les plus grands contributeurs aux dommages au sol, mais les plateaux à grumes et les routes ont été de petits composants de l’ensemble des dommages au sol. Cependant, les différentes méthodes et techniques de récolte entraînent des niveaux différents de dommages au sol. Malgré des techniques de récolte similaires, les méthodes d’exploitation forestière conventionnelles produisent plus de dommages au sol que l’exploitation forestière à impact réduit.
L’exploitation forestière sélective est l’une des nombreuses utilisations des terres en Amazonie brésilienne, mais elle augmente également l’accès humain aux forêts par le développement d’une multitude de routes forestières. Ces routes permettent un accès plus facile aux sites d’exploitation mais facilitent également l’accès des chasseurs aux terres forestières, ce qui réduit la biodiversité au sein de la forêt. En outre, l’exploitation forestière est plus susceptible de se produire autour de ces routes, car la facilité d’accès permet de réaliser plus de profits. Cela conduit à des fractions de trouées importantes et à des taux élevés de déforestation. Inévitablement, la probabilité de déforestation est plus élevée pour les coupes sélectives mal gérées dans les forêts que pour celles qui ne le sont pas. L’augmentation des ouvertures dans la canopée entraîne une dégradation et une plus grande vulnérabilité aux incendies. La fragmentation des forêts résulte également de l’exploitation forestière à fort impact. Les impacts de l’exploitation forestière en Amazonie brésilienne se traduisent par une fragmentation de la forêt, car de nouvelles zones de forêts sont produites pour la coupe à blanc ou l’exploitation sélective.
Près de la moitié des opérations d’exploitation sélective en Amazonie étaient illégales au début des années 2000. Comme une grande partie des pratiques d’exploitation forestière n’étaient pas réglementées, les opérations d’extraction à forts dégâts ont rendu les terres forestières sensibles à la sécheresse et aux incendies. Dans les forêts récemment exploitées, les fractions d’espacement de la canopée sont les plus élevées dans les ponts à grumes, cependant, l’effet global sur la fraction d’espacement de la forêt est négligeable en raison de la petite surface des ponts.