Le système politique de la République du Soudan a été restructuré à la suite d’un coup d’État militaire le 30 juin 1989, lorsque Omar al-Bashir, alors brigadier dans l’armée soudanaise, a pris la tête d’un groupe d’officiers et a évincé le gouvernement du Premier ministre Sadiq al-Mahdi. Sous la direction d’al-Bashir, le nouveau gouvernement militaire suspend les partis politiques et introduit un code juridique islamique au niveau national. Il est ensuite devenu président du Conseil de commandement révolutionnaire pour le salut national (un organe nouvellement créé doté de pouvoirs législatifs et exécutifs pour ce qui a été décrit comme une période de transition), et a assumé les postes de chef d’État, de premier ministre, de chef des forces armées et de ministre de la défense. Plus tard, après avoir institutionnalisé la charia dans la partie nord du pays avec Hassan al-Turabi, al-Bashir a procédé à des purges et à des exécutions dans les rangs supérieurs de l’armée, à l’interdiction d’associations, de partis politiques et de journaux indépendants et à l’emprisonnement de personnalités politiques et de journalistes. En 1993, le Soudan s’est transformé en un État totalitaire islamique à parti unique lorsque M. al-Bashir a aboli le Conseil de commandement de la révolution et créé le Front national islamique (FNI) avec un nouveau parlement et un nouveau gouvernement obtenus uniquement par les membres du FNI, et s’est proclamé président du Soudan. En conséquence, la deuxième guerre civile soudanaise avec l’Armée populaire de libération du Soudan (APLS) ne fera que s’intensifier dans les années suivantes.
De 1983 à 1997, le pays a été divisé en cinq régions au nord et trois au sud, chacune dirigée par un gouverneur militaire. Après le coup d’État militaire de 1989, les assemblées régionales ont été suspendues. Le Conseil de commandement révolutionnaire pour le salut national ayant été aboli en 1993 et le Front national islamique (NIF) au pouvoir ayant formé le Parti du congrès national (NCP), le nouveau parti comprenait des membres non musulmans, principalement des politiciens sud-soudanais, dont certains ont été nommés ministres ou gouverneurs d’État.
En 1997, la structure de l’administration régionale a été remplacée par la création de vingt-six États. Les exécutifs, les cabinets et les hauts fonctionnaires de l’État sont nommés par le président, et leurs budgets limités sont déterminés et distribués par Khartoum. Par conséquent, les États restent économiquement dépendants du gouvernement central. L’État de Khartoum, qui comprend la capitale et les districts périphériques, est administré par un gouverneur.
A la suite de la signature de l’Accord de paix global (APG) en 2005 entre le gouvernement d’Omar el-Béchir et le Mouvement/Armée de libération du peuple soudanais (SPLM/A), un gouvernement d’unité nationale a été installé au Soudan conformément à la Constitution intérimaire par laquelle un poste de co-vice-président représentant le sud a été créé en plus du vice-président soudanais du nord. Cela a permis au nord et au sud de se partager équitablement les gisements de pétrole, mais a également laissé en place les armées du nord et du sud.
A la suite de l’accord de paix au Darfour, le poste de conseiller présidentiel principal, le quatrième plus haut poste constitutionnel, a été attribué à Minni Minnawi, un Zaghawa de l’Armée de libération du Soudan (ALS) basée au Darfour. Les postes de l’exécutif ont été répartis entre le Parti du Congrès national (NCP), le Mouvement/Armée de libération du peuple soudanais (SPLM/A), le Front oriental et les factions du Parti Umma et du Parti unioniste démocratique (DUP). Cet accord de paix avec le SPLM/A a accordé au Sud-Soudan une autonomie de six ans, qui devait être suivie d’un référendum sur l’indépendance en 2011. Selon la nouvelle constitution de 2005, l’Assemblée nationale bicamérale est le parlement officiel du Soudan. Elle est divisée en deux chambres : l’Assemblée nationale, une chambre basse de 450 sièges, et le Conseil des États, une chambre haute de 50 sièges. Ainsi, le parlement est composé de 500 membres nommés au total, où tous sont élus indirectement par les législatures des États pour servir des mandats de six ans.
Malgré son mandat d’arrêt international, Omar el-Béchir a été réélu lors de l’élection présidentielle soudanaise de 2010, la première élection démocratique avec de multiples partis politiques participants en neuf ans. Son rival politique était le vice-président Salva Kiir Mayardit, actuel chef de l’APLS.
En décembre 1999, une lutte de pouvoir a atteint son paroxysme entre le président Omar el-Béchir et Hassan al-Turabi, fondateur du FNI, idéologue islamiste et président du parlement. Al-Turabi a été démis de ses fonctions au sein du parti au pouvoir et du gouvernement, le parlement a été dissous, la constitution suspendue et l’état d’urgence national déclaré par décret présidentiel. Le Parlement a repris ses travaux en février 2001 après les élections présidentielles et parlementaires de décembre 2000, mais les lois d’urgence nationale restent en vigueur. À peu près à la même époque, le Livre noir, un manuscrit rédigé par des Occidentaux dissidents détaillant la domination des peuples du Nord, est publié. Al-Turabi a été arrêté en février 2001 et accusé d’être une menace pour la sécurité nationale et l’ordre constitutionnel pour avoir signé un protocole d’accord avec le MPLS/APLS. Il a été placé dans une prison de haute sécurité jusqu’à sa libération en 2005.
Dans le cadre de l’accord mettant fin à la deuxième guerre civile soudanaise, neuf membres du SPLM/A et 16 membres du gouvernement ont prêté serment en tant que ministres le 22 septembre 2005, formant ainsi le premier gouvernement d’unité nationale d’après-guerre. L’investiture a été retardée en raison de discussions sur l’attribution des différents portefeuilles et du décès du vice-président John Garang. Le Parti du Congrès national a gardé le contrôle des postes clés de l’énergie, de la défense, de l’intérieur et des finances, tandis qu’une personne nommée par le SPLM est devenue ministre des affaires étrangères. Le vice-président Salva Kiir aurait reculé dans la dispute pour savoir qui aurait le contrôle du ministère vital de l’Énergie et des Mines, qui gère la production des champs pétroliers du Soudan.
Le 11 avril 2019, al-Bashir et son gouvernement ont été renversés par un coup d’État militaire mené par son premier vice-président et son ministre de la Défense, qui ont ensuite établi la junte militaire désormais au pouvoir. Le lendemain, Auf a remis le pouvoir au général de corps d’armée Abdel Fattah Abdelrahman Burhan.