La majorité de la population du Soudan est musulmane, appartenant très majoritairement à la branche sunnite. L’islam sunnite au Soudan, comme dans une grande partie du reste de l’Afrique, a été caractérisé par la formation de tarīqahs, ou confréries religieuses musulmanes. La plus ancienne de ces tarīqahs est la Qādiriyyah, qui a été introduite dans la région du Soudan en provenance du Moyen-Orient au XVIe siècle. Une autre tarīqah importante est la Khatmiyyah, ou Mīrghaniyyah, qui a été fondée par Muḥammad ʿUthmān al-Mīrghanī au début du XIXe siècle. La tarīqah la plus puissante et la mieux organisée est peut-être la Mahdiyyah ; ses adeptes ont mené une révolte réussie contre le régime turco-égyptien (1821-85) et ont établi un État indépendant au Soudan qui a duré de 1884 à 1898. Les tarīqahs Mahdiyyah et Khatmiyyah ont formé la base des partis politiques qui ont émergé au Soudan dans les années 1940 et ont continué à jouer un rôle dominant dans la politique de la nation dans la période post-indépendance.
Un petit pourcentage de la population du Soudan suit les religions animistes traditionnelles, notamment dans les monts Nouba. Bien que ces animistes partagent certains éléments communs de croyance religieuse, chaque groupe ethnique a sa propre religion indigène. Pratiquement toutes les religions africaines traditionnelles du Soudan partagent la conception d’un esprit supérieur ou d’une divinité, généralement un dieu créateur. Il existe deux conceptions de l’univers : le terrestre et le céleste, ou le visible et l’invisible. Le monde céleste est considéré comme étant peuplé d’êtres spirituels dont la fonction est de servir d’intermédiaires ou de messagers de Dieu ; dans le cas des Nilotes, ces esprits sont identifiés à leurs ancêtres. La divinité suprême fait l’objet de rituels utilisant la musique et la danse.
Les chrétiens représentent une autre petite partie de la population. Le christianisme est arrivé pour la première fois au Soudan vers le 6e siècle de l’ère chrétienne, et pendant les siècles suivants, les églises chrétiennes ont prospéré dans l’ancien royaume de Nubie. Après l’instauration de la domination musulmane en Égypte et les migrations arabes ultérieures vers le Soudan, le christianisme a décliné en Nubie et a été progressivement remplacé par l’islam ; ce processus s’est achevé à la fin du 15e siècle. Le christianisme au Soudan aujourd’hui est le produit des efforts missionnaires européens qui ont débuté dans la seconde moitié du 19ème siècle. La plupart de ces efforts se sont concentrés dans les Monts Nouba plutôt que parmi les musulmans du nord.