Leur aire de répartition a été réduite par la surpêche et la destruction de l’habitat due à l’exploitation minière, au pâturage et à l’exploitation forestière, et les densités de population ont été réduites par la concurrence avec les truites mouchetées, brunes et arc-en-ciel non indigènes depuis que celles-ci ont été introduites à la fin du XIXe et au début du XXe siècle. Cependant, les menaces actuelles les plus graves pour la sous-espèce sont le croisement avec la truite arc-en-ciel introduite (ce qui donne des truites fardées) dans l’écosystème du Grand Yellowstone, la présence de truites de lac dans les lacs Yellowstone et Heart dans le parc national de Yellowstone qui s’attaquent aux truites fardées jusqu’à 15 pouces de longueur, et plusieurs épidémies de maladie du tournis dans les principaux affluents de frai.
Bien que le touladi ait été établi dans les lacs Shoshone et Lewis dans le drainage de la rivière Snake à partir des opérations d’empoissonnement du gouvernement des États-Unis en 1898.S. en 1890, ils n’ont jamais été officiellement introduits dans le drainage de la rivière Yellowstone et leur présence y est probablement le résultat d’introductions accidentelles ou illégales.
La sécheresse occasionnelle dans la région de Yellowstone fait que plusieurs affluents de frai s’assèchent à la fin de l’été, empêchant les alevins de flétan de migrer vers le lac Yellowstone et en faisant des proies faciles pour les prédateurs, tels que les goélands et les pélicans. Ces menaces ont considérablement réduit les populations de flétan dans le lac Yellowstone et les parties adjacentes de la rivière Yellowstone. À l’heure actuelle, les plus fortes populations de flétans se trouvent dans les canyons Grand et Black de la rivière Yellowstone et dans le principal affluent de la rivière Yellowstone dans le parc Yellowstone, la rivière Lamar et ses affluents. En 2004, des écologistes ont tenté de faire inscrire cette sous-espèce sur la liste des espèces menacées par le Service américain de la pêche et de la faune sauvage, mais l’agence a refusé, citant des preuves que des efforts importants sont déjà en cours pour assurer la pérennité de cette sous-espèce. Toutes les truites fardées de Yellowstone capturées dans le parc national de Yellowstone doivent être relâchées. Les populations situées à l’extérieur du parc national sont soumises à des réglementations variables en fonction de l’emplacement du cours d’eau ou de la voie d’eau.