Il taglio selettivo è la pratica di rimuovere solo una o due specie di alberi da una certa area. Come accennato prima, il disboscamento selettivo è un metodo più efficiente rispetto al clear-cutting, ma ci sono ancora impatti negativi. Il disboscamento selettivo nella foresta pluviale amazzonica è passato dalla raccolta a basso volume di una o due specie a un sistema che può tagliare più specie e rimanere redditizio. È uno dei tanti usi della terra nelle frontiere in via di sviluppo in Amazzonia. Tuttavia, la crescita di questa industria non è correlata a una gestione efficiente e a migliori tecniche di raccolta. Anche se ci sono molti progressi nella gestione delle foreste, come il taglio a impatto ridotto (RIL), non sono stati ampiamente adottati. Diverse ragioni per cui le dannose tecniche di taglio selettivo sono preferite al RIL sono: diritti di proprietà poco chiari, alti costi di transazione del governo e mancanza di informazioni accessibili sulle tecniche di gestione forestale. Il RIL influisce anche sulla rigenerazione degli alberi perché crea dei piccoli vuoti di copertura che limitano la luce naturale di cui gli alberi in via di rigenerazione hanno bisogno per sopravvivere.
Due modi per ottenere il permesso di disboscare le foreste nell’Amazzonia brasiliana sono i piani di gestione forestale regolati dalla politica e la deforestazione. Quasi 15 milioni di m3 di legno sono stati registrati attraverso questi permessi tra il 2000 e il 2004, ma oltre 24 milioni di metri cubi (850×106 cu ft) sono stati registrati tra il 1998 e il 2004. Gran parte della produzione di questi anni proviene dal disboscamento illegale. Il disboscamento illegale porta ad una perdita di tasse da parte del governo e ad uno scarso progresso economico nei settori legati al disboscamento. Inoltre, il disboscamento illegale si traduce in foreste impoverite, perdita di biodiversità e aumento della probabilità di incendi.
L’intensità con cui tutte le operazioni di disboscamento vengono raccolte ha un effetto diretto sul progresso ecologico. Inizialmente, la copertura delle foreste diminuisce come risultato del disboscamento selettivo che porta a un rallentamento della crescita della foresta, dei processi idrologici e dell’approvvigionamento alimentare. Oltre ad alterare la struttura della foresta, il disboscamento selettivo altera anche il ciclo del carbonio e altri processi biogeochimici chiave che aiutano a controllare e mantenere la produttività della foresta. Gli effetti del disboscamento selettivo possono essere suddivisi in tre componenti principali, i danni al suolo come risultato delle operazioni di raccolta, i modelli temporali della frazione di gap della chioma all’interno di ogni categoria di danno al suolo e i cambiamenti temporali nella frazione di gap derivanti dagli alberi abbattuti. La frazione di gap della calotta è l’effetto integrato di diverse proprietà biofisiche dipendenti dalla scala che forniscono informazioni sull’apertura della calotta dopo il taglio selettivo. I sentieri sono il maggior contributore al danno al suolo, ma i ponti di tronchi e le strade sono stati piccoli componenti del danno complessivo al suolo. Tuttavia, diversi metodi e tecniche di raccolta risultano in diversi livelli di danno al suolo. Nonostante le tecniche di raccolta simili, i metodi di taglio convenzionali producono più danni al terreno rispetto al taglio a impatto ridotto.
Il taglio selettivo è uno dei molti usi della terra nell’Amazzonia brasiliana, ma aumenta anche l’accesso umano alle foreste attraverso lo sviluppo di una moltitudine di strade di taglio. Queste strade permettono un accesso più facile ai siti di disboscamento, ma rendono anche più facile per i cacciatori l’accesso ai terreni forestali, il che riduce la biodiversità all’interno della foresta. Inoltre, il disboscamento è più probabile che avvenga intorno a queste strade perché la facilità di accesso permette un maggiore profitto. Questo porta a grandi frazioni di gap e ad alti tassi di deforestazione. Inevitabilmente, la probabilità di deforestazione è più alta per il disboscamento selettivo mal gestito nelle foreste rispetto a quelle senza. Questi aumenti delle aperture delle chiome provocano un degrado e una maggiore suscettibilità al fuoco. La frammentazione delle foreste è anche guidata come risultato del disboscamento ad alto impatto di una foresta. Gli impatti del disboscamento nell’Amazzonia brasiliana si traducono in una frammentazione della foresta, in quanto vengono prodotte nuove aree di foresta per il taglio netto o il disboscamento selettivo.
Quasi la metà delle operazioni di disboscamento selettivo in Amazzonia erano illegali durante i primi anni 2000. Poiché gran parte delle pratiche di disboscamento non erano regolamentate, le operazioni di estrazione ad alto danno hanno reso il terreno forestale suscettibile alla siccità e al fuoco. Nelle foreste disboscate di recente, le frazioni di gap del baldacchino sono più alte nei ponti di tronchi, tuttavia, l’effetto complessivo sulla frazione di gap della foresta è trascurabile a causa della piccola superficie dei ponti.