Il suo areale è stato ridotto dalla pesca eccessiva e dalla distruzione dell’habitat dovuta all’estrazione mineraria, al pascolo e al disboscamento, e le densità della popolazione sono state ridotte dalla competizione con le trote di torrente, fario e iridee non autoctone da quando queste sono state introdotte alla fine del XIX e all’inizio del XX secolo. Tuttavia, le più gravi minacce attuali per la sottospecie sono l’incrocio con la trota iridea introdotta (con conseguente cutbows) nell’ecosistema di Greater Yellowstone, la presenza di trote di lago a Yellowstone e nei laghi Heart nel Parco Nazionale di Yellowstone che predano le trote cutthroat fino a 15 pollici di lunghezza, e diversi focolai di whirling disease nei principali affluenti di riproduzione.
Anche se la trota di lago è stata stabilita nei laghi Shoshone e Lewis nel drenaggio del fiume Snake dalle operazioni di stoccaggio del governo degli Stati Uniti nel 1884.Sebbene la trota lacustre sia stata introdotta nei laghi Shoshone e Lewis nel drenaggio del fiume Snake dal governo degli Stati Uniti nel 1890, non è mai stata ufficialmente introdotta nel drenaggio del fiume Yellowstone e la sua presenza è probabilmente il risultato di introduzioni accidentali o illegali.
La siccità occasionale nell’area di Yellowstone fa sì che diversi affluenti di riproduzione si prosciughino alla fine dell’estate, impedendo agli avannotti di cutthroat di migrare al lago Yellowstone e rendendoli facile preda di predatori, come gabbiani e pellicani. Queste minacce hanno ridotto significativamente le popolazioni di tagliagole nel lago Yellowstone e nelle parti adiacenti del fiume Yellowstone. Attualmente, le popolazioni più forti di tagliagole si trovano nel Grand Canyon e nel Black Canyon del fiume Yellowstone e nel principale affluente dello Yellowstone nel parco di Yellowstone, il fiume Lamar e i suoi affluenti. I tentativi fatti di recente, nel 2004, dagli ambientalisti per far inserire la sottospecie nella lista delle specie in pericolo da parte dell’U.S. Fish and Wildlife Service non sono stati approvati dall’agenzia, citando la prova che sono già in corso grandi sforzi per assicurare la continua esistenza di questa sottospecie. Tutte le trote cutthroat di Yellowstone catturate all’interno del Parco Nazionale di Yellowstone devono essere rilasciate. Le popolazioni al di fuori del parco nazionale sono soggette a vari regolamenti a seconda della posizione del torrente o del corso d’acqua.