Personale associato:
- Kate Reardon, Microbiologo di Ricerca
- Katherine Son, Tecnico di Scienze Fisiche
- Vacant, Associato di Ricerca, Microbiologo (Suoli)
- Vacant, Tecnico di Laboratorio
- ARS-SWCR Scientists
Collaboratori:
- Mark Mazzola, USDA-ARS Tree Fruit Research Lab, Wenatchee, WA
- David Brown, Washington State University, Pullman, WA
- Kristin Trippe, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, Corvallis, OR
- Dick Smiley, Oregon State University, Adams, OR
- Marion Brodhagen, Western Washington University, Bellingham, WA
- Jeff McLean, J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA
Progetti di ricerca attuali
I microbi del suolo contribuiscono significativamente al ciclo dei nutrienti e alla disponibilità di azoto nei terreni agricoli. La mia ricerca si concentra su come le strategie di gestione delle colture abbiano un impatto sulle comunità microbiche del suolo e sull’influenza che i sistemi di coltivazione hanno sulle dinamiche dell’azoto e del carbonio. Nel tentativo di comprendere questi effetti, stiamo impiegando tecniche molecolari per quantificare e identificare i microbi tra cui batteri, funghi, archei e nematodi importanti nel ciclo dei nutrienti nei terreni agricoli. Stiamo anche analizzando i cambiamenti nell’abbondanza dei geni richiesti per alcune funzioni microbiche come il ciclo dell’azoto. Analizzando i geni funzionali, come il gene che codifica la monoossigenasi dell’ammoniaca che catalizza il primo passo della conversione dell’ammoniaca in nitrito, possiamo fare ipotesi su come le strategie di gestione come la rotazione delle colture o la fertilizzazione dell’azoto hanno un impatto sull’ossidazione microbica dell’ammoniaca.
Le capacità di biologia molecolare sono nuove per il programma di microbiologia USDA-ARS a Pendleton e attualmente includono estrazione del DNA/RNA, elettroforesi del gel, PCR (reazione a catena della polimerasi), PCR quantitativa, T-RFLP (per determinare i cambiamenti nella diversità microbica, polimorfismo di lunghezza del frammento di restrizione terminale), sequenziamento del DNA e quantificazione del DNA/RNA usando la fluorescenza o un Bioanalyzer.