Nova è stata criticata per non aver sempre valutato gli autori attraverso il processo di peer review accademico e per aver ripubblicato vecchi capitoli di libri di dominio pubblico e rapporti governativi liberamente accessibili a prezzi elevati. Queste critiche hanno spinto il bibliotecario Jeffrey Beall a scrivere che, secondo lui, Nova Science Publishers era nel “livello più basso” degli editori.
Un recente sondaggio dei database nazionali e internazionali degli editori di libri accademici (inclusi Book Citation Index, Scopus, CRIStin, JUFO, VIRTA e SPI) ha identificato Nova come uno di un “nucleo di editori che sono indicizzati in tutti e cinque” i sistemi informatici esaminati. Questo “nucleo” conteneva 46 dei 3.765 editori identificati.
In un rapporto del 2011 di ventuno editori internazionali di libri di scienze sociali che ha determinato la penetrazione sui mercati internazionali e la menzione dei libri nei sistemi di indici scientifici internazionali come Cambridge Scientific Abstracts, Nova Science Publishers si è classificata 17° su 21. In uno studio del 2017 sulla classifica degli editori di libri, Nova Science Publishers si è classificata in alto per numero di libri pubblicati, ma vicino al fondo per numero di citazioni per libro. Un rapporto del 2018 dello stesso autore indica ora che Nova si colloca nella prima metà dei 51 per 1.standing globale dell’azienda; 2.azienda come fattore sul mercato; 3.impatto dell’azienda sul dibattito politico ed economico globale; 4.distribuzione con successo di best-seller; 5.impatto sulla comunità accademica; 6.distribuzione con successo della produzione a più di 50 biblioteche Worldcat globali; 7.produzione negli ultimi 5 anni; 8.qualità accademica eccezionale. Ma anche a partire dal 2018, Nova è stata rimossa dalla lista norvegese dei canali di pubblicazione scientifica approvati (Norwegian Register for Scientific Journals, Series and Publishers).