Il sistema politico della Repubblica del Sudan fu ristrutturato a seguito di un colpo di stato militare il 30 giugno 1989, quando Omar al-Bashir, allora brigadiere dell’esercito sudanese, guidò un gruppo di ufficiali e spodestò il governo del primo ministro Sadiq al-Mahdi. Sotto la guida di al-Bashir, il nuovo governo militare sospese i partiti politici e introdusse un codice legale islamico a livello nazionale. Divenne poi presidente del Consiglio di Comando Rivoluzionario per la Salvezza Nazionale (un organismo di nuova costituzione con poteri legislativi ed esecutivi per quello che fu descritto come un periodo di transizione), e assunse le cariche di capo di stato, primo ministro, capo delle forze armate e ministro della difesa. Più avanti, dopo aver istituzionalizzato la sharia nella parte settentrionale del paese insieme a Hassan al-Turabi, al-Bashir emise purghe ed esecuzioni nei ranghi superiori dell’esercito, la messa al bando di associazioni, partiti politici e giornali indipendenti e l’imprigionamento di figure politiche e giornalisti di spicco. Nel 1993, il Sudan si trasformò in uno stato islamico totalitario a partito unico quando al-Bashir abolì il Consiglio di Comando Rivoluzionario e creò il Fronte Nazionale Islamico (NIF) con un nuovo parlamento e un governo ottenuto esclusivamente da membri del NIF, e si proclamò Presidente del Sudan. Di conseguenza, la seconda guerra civile sudanese con l’Esercito di Liberazione del Popolo Sudanese (SPLA) non avrebbe fatto che intensificarsi negli anni successivi.
Dal 1983 al 1997, il paese fu diviso in cinque regioni nel nord e tre nel sud, ciascuna guidata da un governatore militare. Dopo il colpo di stato militare del 1989, le assemblee regionali furono sospese. Con il Consiglio di Comando Rivoluzionario per la Salvezza Nazionale abolito nel 1993 e il Fronte Nazionale Islamico (NIF) al potere che formò il Partito del Congresso Nazionale (NCP), il nuovo partito includeva alcuni membri non musulmani, principalmente politici del Sudan meridionale, alcuni dei quali furono nominati ministri o governatori di stato.
Nel 1997, la struttura di amministrazione regionale fu sostituita dalla creazione di ventisei stati. Gli esecutivi, i gabinetti e i funzionari statali di alto livello sono nominati dal presidente, e i loro limitati bilanci sono determinati e distribuiti da Khartoum. Gli stati, di conseguenza, rimangono economicamente dipendenti dal governo centrale. Lo stato di Khartoum, che comprende la capitale e i distretti periferici, è amministrato da un governatore.
In seguito alla firma del Comprehensive Peace Agreement (CPA) nel 2005 tra il governo di Omar al-Bashir e il Sudan People’s Liberation Movement/Army (SPLM/A), un governo di unità nazionale è stato installato in Sudan in conformità con la costituzione provvisoria, in cui è stata creata una posizione di co-vicepresidente che rappresenta il sud, oltre al vicepresidente sudanese del nord. Questo ha permesso al nord e al sud di dividere equamente i depositi di petrolio, ma ha anche lasciato sul posto gli eserciti del nord e del sud.
In seguito all’accordo di pace del Darfur, la carica di consigliere presidenziale anziano, la quarta carica costituzionale più alta, è stata assegnata a Minni Minnawi, uno Zaghawa dell’Esercito di Liberazione Sudanese (SLA) con sede nel Darfur. Le cariche dell’esecutivo sono state divise tra il National Congress Party (NCP), il Sudan People’s Liberation Movement/Army (SPLM/A), l’Eastern Front e le fazioni dell’Umma Party e del Democratic Unionist Party (DUP). Questo accordo di pace con l’SPLM/A ha concesso al Sudan meridionale l’autonomia per sei anni, che sarà seguita da un referendum sull’indipendenza nel 2011. Secondo la nuova costituzione del 2005, la legislatura nazionale bicamerale è il parlamento ufficiale sudanese, ed è divisa tra due camere: l’Assemblea nazionale, una camera bassa con 450 seggi, e il Consiglio degli Stati, una camera alta con 50 seggi. Così il parlamento consiste di 500 membri nominati in tutto, dove tutti sono indirettamente eletti dalle legislature statali per servire mandati di sei anni.
Nonostante il suo mandato d’arresto internazionale, Omar al-Bashir è stato rieletto nelle elezioni presidenziali sudanesi del 2010, le prime elezioni democratiche con più partiti politici partecipanti in nove anni. Il suo rivale politico era il vicepresidente Salva Kiir Mayardit, attuale leader dell’SPLA.
Nel dicembre 1999, una lotta di potere culminò tra il presidente Omar al-Bashir e Hassan al-Turabi, fondatore del NIF, ideologo islamista e speaker del parlamento. Al-Turabi fu privato delle sue cariche nel partito al potere e nel governo, il parlamento fu sciolto, la costituzione sospesa e fu dichiarato lo stato di emergenza nazionale per decreto presidenziale. Il parlamento è ripreso nel febbraio 2001 dopo le elezioni presidenziali e parlamentari del dicembre 2000, ma le leggi di emergenza nazionale rimangono in vigore. Più o meno nello stesso periodo è stato pubblicato il Libro Nero, un manoscritto di occidentali dissidenti che descrive in dettaglio la dominazione dei popoli del nord. Al-Turabi è stato arrestato nel febbraio 2001, e accusato di essere una minaccia alla sicurezza nazionale e all’ordine costituzionale per aver firmato un memorandum d’intesa con l’SPLM/A. È stato messo in un carcere di massima sicurezza fino alla liberazione nel 2005.
Come parte dell’accordo che ha messo fine alla seconda guerra civile sudanese, nove membri dell’SPLM/A e 16 membri del governo hanno giurato come ministri il 22 settembre 2005, formando il primo governo di unità nazionale del dopoguerra. L’inaugurazione fu ritardata a causa di discussioni su chi avrebbe ottenuto i vari portafogli e come risultato della morte del vicepresidente John Garang. Il Partito del Congresso Nazionale ha mantenuto il controllo dei posti chiave dell’energia, della difesa, degli interni e delle finanze, mentre un incaricato dell’SPLM è diventato ministro degli esteri. Il vicepresidente Salva Kiir avrebbe fatto marcia indietro nella disputa su chi avrebbe avuto il controllo del vitale Ministero dell’Energia e delle Miniere, che gestisce la produzione dei giacimenti di petrolio del Sudan.
L’11 aprile 2019, al-Bashir e il suo governo sono stati rovesciati in un colpo di stato militare guidato dal suo primo vicepresidente e ministro della Difesa, che ha poi istituito la giunta militare ora al potere. Il giorno successivo Auf ha consegnato il potere al tenente generale Abdel Fattah Abdelrahman Burhan.