Procedures for the Analysis of Comparative Data Using Phylogenetically Independent Contrasts

Discutiamo e chiariamo diversi aspetti dell’applicazione delle procedure di Felsenstein (1985, Am. Nat. 125: 1-15) per verificare l’evoluzione correlata di tratti continui. Questo è uno dei diversi metodi comparativi disponibili che mappano i dati per i tratti fenotipici su un albero filogenetico esistente (derivato da informazioni indipendenti). L’applicazione del metodo di Felsenstein non richiede una topologia interamente dicotomica. Non richiede nemmeno l’assunzione di un’evoluzione graduale, simile a un orologio, come potrebbe essere modellata dal moto browniano. Quasi tutte le informazioni disponibili possono essere utilizzate per stimare la lunghezza dei rami (ad esempio, le distanze genetiche, i tempi di divergenza stimati dal record fossile o dagli orologi molecolari, il numero di cambiamenti dei caratteri da un’analisi cladistica). Tuttavia, l’adeguatezza a fini statistici di qualsiasi lunghezza di ramo proposta deve essere verificata empiricamente per ogni fitogenesi e per ogni carattere. Suggeriamo un modo semplice per farlo, basato sull’analisi grafica dei grafici dei contrasti indipendenti standardizzati contro le loro deviazioni standard (cioè, le radici quadrate delle somme delle loro lunghezze di ramo). In alcuni casi, le lunghezze dei rami e/o i valori dei tratti studiati richiedono una trasformazione. Viene presentato un esempio che coinvolge il ridimensionamento dell’area dell’home range dei mammiferi. Una volta adeguatamente standardizzati, gli insiemi di contrasti indipendenti possono essere analizzati utilizzando la regressione lineare o non lineare (multipla). In tutti i casi, comunque, le regressioni (o correlazioni) devono essere calcolate attraverso l’origine. Discutiamo anche i modi per correggere gli effetti delle dimensioni del corpo e come questo si riferisce alla realizzazione di rappresentazioni grafiche delle relazioni dei contrasti indipendenti standardizzati. Chiudiamo con una considerazione sui tipi di tratti che possono essere analizzati con le procedure di contrasto indipendenti e concludiamo che qualsiasi tratto (continuo) che viene ereditato dagli antenati è appropriato per l’analisi, indipendentemente dal meccanismo di ereditarietà (ad esempio, genetico o culturale).