La maggioranza della popolazione del Sudan è musulmana, appartenente per la maggior parte al ramo sunnita. L’Islam sunnita in Sudan, come in gran parte del resto dell’Africa, è stato caratterizzato dalla formazione di tarīqahs, o confraternite religiose musulmane. La più antica di queste tarīqah è la Qādiriyyah, che fu introdotta nella regione del Sudan dal Medio Oriente nel XVI secolo. Un’altra importante tarīqah è la Khatmiyyah, o Mīrghaniyyah, che fu fondata da Muḥammad ʿUthmān al-Mīrghanī all’inizio del XIX secolo. Forse la tarīqah più potente e meglio organizzata è la Mahdiyyah; i suoi seguaci condussero una rivolta di successo contro il regime turco-egiziano (1821-85) e stabilirono uno stato indipendente in Sudan che durò dal 1884 al 1898. Le tarīqah Mahdiyyah e Khatmiyyah formarono la base per i partiti politici che emersero in Sudan negli anni ’40 e hanno continuato a giocare un ruolo dominante nella politica della nazione nel periodo post indipendenza.
Una piccola percentuale della popolazione del Sudan segue le religioni animiste tradizionali, in particolare nelle montagne Nuba. Anche se questi animisti condividono alcuni elementi comuni di credo religioso, ogni gruppo etnico ha la propria religione indigena. Praticamente tutte le religioni tradizionali africane del Sudan condividono la concezione di un alto spirito o divinità, di solito un dio creatore. Esistono due concezioni dell’universo: il terreno e il celeste, o il visibile e l’invisibile. Il mondo celeste è visto come popolato da esseri spirituali la cui funzione è quella di servire come intermediari o messaggeri di Dio; nel caso dei Nilotes, questi spiriti sono identificati con i loro antenati. La divinità suprema è oggetto di rituali che utilizzano la musica e la danza.
I cristiani rappresentano un’altra piccola parte della popolazione. Il cristianesimo arrivò per la prima volta in Sudan intorno al 6° secolo, e per secoli le chiese cristiane fiorirono nell’antico regno della Nubia. Dopo l’instaurazione del dominio musulmano in Egitto e le successive migrazioni arabe in Sudan, il cristianesimo declinò in Nubia e fu gradualmente sostituito dall’Islam; il processo fu completo alla fine del XV secolo. Il cristianesimo in Sudan oggi è un prodotto degli sforzi missionari europei che iniziarono nella seconda metà del XIX secolo. La maggior parte di questi sforzi erano concentrati nelle montagne di Nuba piuttosto che tra i musulmani del nord.