Anche se Sofia emerse dall’ombra durante le lotte dinastiche del 1682, le sue influenze precedenti possono aiutare a spiegare la sua ascesa alla reggenza. Al precedente cambio di sovrano nel 1676, Sofia potrebbe aver agito nell’interesse di suo fratello, Feodor, dato che esistono varie voci secondo le quali lei supplicò allora suo padre, lo zar morente Alessio, di non proclamare Pietro suo erede. La capacità di Feodor di guidare la Russia fu messa in dubbio, a causa della sua natura debole e della sua cattiva salute. La sua abilità mentale si sviluppò abbastanza bene nel tempo, tuttavia, come gli fu insegnato da Simeone Polotsky. Durante il breve regno di Feodor III (1676-1682), molti storici sostengono che Feodor in realtà “governò sotto il protettorato di Sofia sua sorella”. Quando la salute del giovane zar Feodor cominciò a declinare, più individui si alzarono per consigliarlo, e Sophia trovò la sua influenza in costante declino. Approfittando di una corte mai aperta ad una donna nella sua situazione, utilizzò le sue connessioni, facendosi alleati e pianificando formalmente di assicurarsi il trono. Quando Feodor morì (7 maggio 1682), Sophia tornò immediatamente sulla scena politica. Partecipò al funerale di suo fratello e nel farlo suscitò grande clamore. All’epoca di Sofia, i parenti femminili dello zar erano tenuti lontani dalla corte e da altre sfere politiche, e i funerali si svolgevano tradizionalmente senza donne. Sophia si precipitò al funerale, insistendo sulla sua presenza e contemporaneamente innescando una catena di eventi che avrebbe portato alla sua reggenza.
Il partito Miloslavsky, raggruppato intorno alla famiglia di Feodor e Sophia, approfittò della rivolta di Streltsy (25 maggio 1682) per mettere Sophia sulla poltrona del potere. Lo zar Alessio aveva lasciato dietro di sé due famiglie dalle sue due mogli, e ciascuno dei due rami vantava almeno un erede maschio. Poiché i clan delle due mogli di Alessio erano in conflitto, Sophia escogitò un piano per assicurare il potere a se stessa e alla sua famiglia. Promuovendo il caso di suo fratello Ivan come legittimo erede al trono, Sophia tentò di convincere il patriarca e i boiardi che avrebbero dovuto revocare la loro recente decisione di incoronare Pietro. Insistendo sul fatto che la proclamazione di Pietro infrangeva le leggi monarchiche saltando suo fratello, che sarebbe stato il prossimo in linea di successione se non fosse stato inetto, propose una corona condivisa con Ivan e se stessa. Dopo il rapido e unanime rifiuto di questa proposta da parte della corte, Sophia si rivolse alle scoraggiate truppe militari, gli streltsy, per chiedere aiuto e sostegno. L’ingiusto licenziamento dei diritti di Ivan agì da catalizzatore per le truppe già scontente e frustrate. Molteplici questioni, tra cui le spietate tattiche motivazionali e la mancanza di riposo, spinsero la streltsy ad opporsi violentemente contro l'”ingiusta” elezione di Pietro. Quando i combattimenti cessarono e la vita di Pietro fu segnata per sempre dal sangue versato dai suoi parenti Naryshkin, gli streltsy ottennero le loro richieste iniziali. All’indomani della ribellione degli streltsy, il 25 giugno 1682 il patriarca Ioakim incoronò l’incompetente Ivan come zar maggiore (Ivan V) e Pietro, di soli nove anni, come zar minore. Sophia era stata considerata l’unico membro intellettualmente maturo della famiglia regnante al momento della morte di Feodor, il che la rendeva la favorita per governare per conto del bambino Pietro e dell’inetto Ivan. Usando le conoscenze politiche e pratiche che aveva acquisito al fianco di Feodor, Sophia convinse i nobili e il patriarca della sua capacità di governare la Russia. Come Sophia aveva organizzato prima della morte dello zar Feodor, Vasilij Golitsyn fu installato come capo di governo de facto, eseguendo la maggior parte delle politiche durante la sua reggenza.