臨床試験において、サロゲートエンドポイント（またはサロゲートマーカー）とは、実際の臨床エンドポイントと相関があるかもしれないが、必ずしも関係が保証されていない特定の治療の効果を示す指標をいう。 米国国立衛生研究所（National Institutes of Health）では、サロゲートエンドポイントを「臨床エンドポイントの代替を目的としたバイオマーカー」と定義している。
サロゲートマーカーは、主要エンドポイントが望ましくない（例：死亡）場合や、イベント数が非常に少ない場合、したがって統計的に有意な数のエンドポイントを集めるための臨床試験を行うことが現実的ではないときに使用される。 FDAや他の規制機関は、サロゲートマーカーに直接的な臨床的利益があることを示す臨床試験からの証拠を受け入れることが多い。
サロゲートエンドポイントは、行動または認知スコア、脳波（qEEG）、MRI、PET、生化学バイオマーカーなどの異なる様式から取得することができる。 ある結果が相関物であれば（すなわち、真の臨床結果と相関していれば）、有効な代替エンドポイント（すなわち、真の臨床結果の代替）として使用できるというのは、よくある誤解である。 しかし、このような代替を適切に正当化するには、代替エンドポイントに対する介入の効果が臨床転帰に対する効果を予測することが必要であり、相関よりもはるかに強い条件である。 この文脈では、Prentice criteriaという用語が用いられている
エンドポイントを説明する際に「サロゲート」という用語を使用すべきではない。 臨床試験の代替エンドポイントとは、患者がどのように感じ、機能し、あるいは生存しているかを直接測定する、臨床的に意味のあるエンドポイントの代わりとして使用される実験室測定値や身体的徴候のことである。 治療によりサロゲートエンドポイントに生じる変化は、臨床的に意義のあるエンドポイントの変化を反映することが期待される。