植物群
流域の上部（南部）、比較的湿った部分にはセラードと呼ばれるサバナ（草原）と常緑・落葉樹混合の森林が広がっています。 ジャカランダ、ブラジル杉、ビンハティコなどの広葉樹、コチニール、アロエ、バニラなどの植物が生育している。 中流域では、カイティンガ（Tupí-Guaraní語で「白い森」を意味する）植生が特徴的で、発育が悪く、しばしば棘のある森となる。 樹木はトウダイグサ科のマメ科のカテジナやジュレマ、ヤシ科のバリグダが主で、下草にはブロメリアやサボテンが多く見られる。 経済的に有用な種としては、繊維として利用されるカロア、ヒマシ油、アブラヤシ、カルナウバヤシ、ナツメヤシ、カシューナッツ、ゴムの木などがある。
滝地区はセルタンと呼ばれるブラジル内陸部の乾燥地帯にある。 この地域の降雨量は少ないため、乾燥に強い草本類しか生育しない。 丘陵地の乾燥した森林では、カルナウバヤシやババスヤシ、サボテン、ロックローズ、シャクナゲなどの植物が生育している。 セルタン地方の珍しい植物として、常緑樹のアベローズがある。この植物は高さが15〜20フィートにもなり、畑の境界を示す生垣として利用されている。 この地域の地下水はしばしば灌漑や飲用には塩分が多すぎる。
サン・フランシスコ下流は細かいシルト土壌の氾濫原を流れ、そこには熱帯半落葉樹林が繁茂している。 しかし、もともと川沿いに生えていた植物は、ほとんどが農業のために伐採されてしまいました
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