スーダンの人口の大半はイスラム教徒で、圧倒的にスンニ派に属している。 アフリカの他の地域と同様、スーダンのスンニ派はタリーカ（tarīqahs）と呼ばれるイスラム教の宗教的兄弟団を形成していることが特徴である。 最も古いタリーカはカーディリーヤで、16世紀に中東からスーダンに伝わった。 また、19世紀初頭にムハマド（Muḥammad ʿ Uthmān al-Mīrghanī）が創設したハトミーヤ（Mīrghaniyah）も主要なタリーカ派である。 おそらく最も強力で最も組織化されたタリーカはマフディヤであり、その信奉者はトルコ・エジプト政権に対する反乱（1821-85）を成功させ、1884年から1898年まで続いたスーダンの独立国家を樹立した。 また、マフディヤとハトミヤは1940年代にスーダンで誕生した政党の基礎を形成し、独立後の国の政治において支配的な役割を果たし続けている。
スーダンの人口のうち、特にヌバ山地では伝統的なアニミズム宗教を信仰する人が少なからず存在します。 これらのアニミストは宗教的信念のいくつかの共通の要素を共有しているが、各民族は独自の土着宗教を持っている。 スーダンのアフリカの伝統的な宗教は、事実上すべて高位の精神または神性、通常は創造主の神という概念を共有している。 宇宙には地上と天上、あるいは見えるものと見えないものという2つの概念が存在する。 天界には神の仲介をする霊的な存在（ニロテ族の場合は祖先）が住んでいると考えられている。
キリスト教徒も人口のごく一部である。 スーダンに初めてキリスト教が伝わったのは6世紀頃で、その後何世紀にもわたって古代ヌビア王国でキリスト教会が栄えた。 エジプトでイスラム教が定着し、その後アラブ人がスーダンに移住してくると、ヌビアではキリスト教が衰退し、次第にイスラム教に取って代わられ、15世紀末には完全にイスラム教に取って代わられました。 現在のスーダンのキリスト教は、19世紀後半に始まったヨーロッパの布教活動の産物である。 そのほとんどは、北部のイスラム教徒ではなく、ヌバ山地に集中していた
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