Case 1
食道癌患者においてS. haliotis肺炎.
2016年7月24日、68歳男性患者が「吐血が4時間続く」ため、中国遼寧市の人民病院に入院した。 2年以上前から食道癌の手術と診断されていた。 入院時の身体検査は、体温36.3℃、脈拍92回/分、呼吸22回/分、血圧135/80mmHgであった。 両側頚部および鎖骨上リンパ節の非触知腫大、気管は中央、胸部左右対称、右胸部に視認できる傷跡、両肺の打診音は明瞭、呼吸音は粗い、乾湿ラ音なし、リズムは一定、腎部の打診痛なし、移動鈍麻陰性、腸音3回/分であった。 入院診断は手術後の食道癌と高血圧であった。 入院時、吐血の原因究明のため補助検査を行った。 無痛胃カメラを施行したが、明らかな異常は認めなかった。 無痛気管支鏡検査で左下葉後基部出血を認めた。 ブラッシング病理検査では明らかな腫瘍細胞は認められなかった。 胸腹部強化CT検査では、食道手術、気管支炎と肺気腫、右肺中葉結節、右上葉と左下葉の間質性病変、左肺下葉の炎症が確認されました。 薬物療法（cefoperazone/sulbactam 3gを1日2回，6日間投与）と抗癌剤，抗炎症剤，補液，止血の治療を行った。 6日間の治療で症状は改善し退院となった。
無痛気管支鏡検査を受けた際に気管支肺胞洗浄液（BALF）を採取し、細胞数が104cfu/ml以上であった。 試料は血液寒天培地に線条接種し，細菌培養を行った。 血液プレートで表現型の異なる菌株を分離し，ID-GNカード（boiMérieux）を用いたVITEK 2システムでS. algae， Escherichia coli， Klebsiella pneumoniaeと同定した． VITEK 2システムのデータベースにはS. putrefaciensとS. algaeの2種のShewanellaのみが登録されていたため、16S rRNA遺伝子配列を前述のPCRにより増幅した。 PCR産物の塩基配列を決定し、GenBankにアクセッション番号MF589233で寄託した。 GenBankの16S rRNA遺伝子配列のBLAST解析の結果、S. haliotis DW01のタイプ株（アクセッション番号NR_117770.1）との類似性が99.0％であることがわかった。 さらに、GenBankデータベースで公開されているShewanella属の全タイプ配列との系統解析を行った結果、本菌株はS. haliotis属（図1中のLC2016-1）であることが確認された。
16S rRNA遺伝子の塩基配列から近隣結合法で構築した系統樹。 系統樹は1427 ntのアラインメントから構築され、Shewanella属の既知のタイプ株はすべて含まれる。 ノードの数字はブートストラップ値（1000回の複製に対する割合）を示す。 棒グラフは1塩基位置あたり10個の置換を示す。 太字は症例Iと症例IIの菌株を示す。 括弧内は16S rRNA遺伝子配列のGenBankアクセッション番号。 黒い三角形は54種のShewanella属菌から構成されている。 種名と16S rRNA遺伝子配列のGenBankアクセッション番号は、Additional file 1: Table S1
に記載されている。 その結果，細菌群構成はShewanella属（88.34％），Escherichia属（11.11％），Streptococcus属（0.38％）などであり，Shewanella属が大半を占めた。
抗菌薬感受性試験はMuerahintonブロスによる微量希釈法にて行った． 本菌はpiperacillin/tazobactamに感受性があった（最小発育阻止濃度，MIC． 8 μg/ml），ceftazidime（1 μg/ml），amikacin（2 μg/ml），gentamicin（1 μg/ml），imipenem（4 μg/ml），meropenem（4 μg/ml）に対して感受性があり，ciprofloxacin（8 μg/ml）とlevofloxacin（8 μg/ml）に耐性であった．
症例2
S. algae菌血症と診断された胃癌患者
56歳男性は「上腹部痛の不快感が1ヶ月続く」との理由で2016年10月6日に中国聊城市の人民病院に入院した。 入院時の身体検査では、体温36.1度、脈拍72回/分、呼吸18回/分、血圧140/90mmHgであった。 両側頸部および鎖骨上リンパ節の非触知性腫大の検出、腹部は平坦で、胃腸波や蠕動運動は観察されなかった。 腹筋は軟らかく，上腹部の圧痛は軽度で，明らかな反跳性疼痛は認められなかった． 肝臓、脾臓は肋骨下に触れず、触知可能な腫瘤は発見されなかった。 Shifting dullnessは陰性で、腸音も正常、直腸診でも異常は認められなかった。 胃カメラでは胃底部と胃体部を含む心窩部潰瘍病変が確認された． 病理所見では腺癌であった。 入院時の診断は胃癌と高血圧であった
入院時、2016年10月9日に補助検査が実施された。 腹腔鏡検査で根治切除不能の末期腫瘍と指摘された。 その後、静脈内・腹腔内化学療法を行い、血球・血小板が正常値より著しく低下し、重度の骨髄抑制となった。 さらに抗感染症、栄養補給、水分補給、顆粒球造血刺激、対症療法などの治療が施された。 2016年10月26日、患者は息切れ、心拍数などの症状があり、肺呼吸音は荒く、ラ音はなく、四肢は冷たい。 敗血症性ショックの存在と考えられた。 非侵襲的人工呼吸と体液膨張、コロイド、輸血製剤、抗感染症（イミペネム1gを8時間ごとに7日間投与）、循環維持、酸抑制、肝臓保護、栄養補給、水分・電解質酸塩基平衡維持、血圧・心拍・呼吸機能・時間尿量・出血のモニターが行われた。 患者は重度の感染症を患っており、多臓器不全症候群（呼吸、循環、胃腸、血液、腎臓）が存在した。 患者とその家族は、ホスピスケアへの自動退院を要求した。 退院時の診断は、多臓器不全症候群（呼吸、循環、消化器、血液、腎臓）、胃癌、高血圧であった。
敗血症ショックが出現し、細菌分離のため血液培養を採取した。 嫌気性，好気性の両ボトルで微生物の増殖が認められ，陽性報告時間はそれぞれ8.1時間，11.9時間であった。 どちらのボトルからも均一なグラム陰性桿菌が検出された。 24時間培養後、血液寒天培地上に溶血性でオキシダーゼ陽性の黄色いコロニーが生育した。 この菌株はID-GNカード（boiMérieux）を用いたVITEK 2システムによりS. putrefaciensと同定された。 本菌株の16S rRNA遺伝子配列はGenBankに寄託されている（アクセッション番号：MF589234）。 GenBankでのBLAST解析の結果、S. upenei strain VITVAGJ (accession number KP090164.1) と100.0%の類似性が確認された。 さらにGenBankデータベースで公開されているShewanella属の全型式配列との系統解析の結果、本菌株はS. upenei属に属することが確認された（図1のLC2016-5）。 採血当日に腹腔ドレナージ液も採取し，同様の同定法で培養した結果，細菌の同定および薬剤感受性は血液と一致した。
抗生物質感受性試験はMueller-Hintonブロスを用いた微量希釈法で実施した。 本菌株はaztreonam（1 μg/ml），ceftazidime（1 μg/ml），cefepime（1 μg/ml），amikacin（2 μg/ml）に感受性があった。 gentamicin（1μg/ml）およびlevofloxacin（1μg/ml）であったが，imipenem（8μg/ml），piperacillin/tazobactam（64μg/ml）およびciprofloxacin（2μg/ml）に対しては中間的であった。