Then and now: use of 16S rDNA gene sequencing for bacterial identification and discovery of novel bacteria in clinical microbiology laboratories

過去10年間、PCRとDNAシーケンスの普及の結果、16S rDNAシーケンスは臨床微生物学研究室における細菌分離株の正確な同定と新規細菌の発見に極めて重要な役割を担ってきた。 細菌の同定において、16S rDNA シークエンスは、特異な表現型プロファイルを持つ細菌、希少細菌、増殖の遅い細菌、未培養の細菌、培養陰性感染症の場合に特に重要です。 感染症の病因に関する洞察をもたらすだけでなく、臨床医が抗生物質を選択し、治療期間や感染制御手順を決定する際にも役立っています。 16S rDNA配列決定を用いて、21世紀の過去7年間（2001-2007年）に215の新規細菌種（そのうち29は新規属に属する）がヒト検体から発見された。 215の新規細菌種のうち、新規属に属する15種の100種が、4人以上の被験者から発見されている。 発見された新種は、Mycobacterium属（n = 12）およびNocardia属（n = 6）が最も多かった。 また，口腔・歯科関連検体（n＝19）および消化管（n＝26）は，新種の発見・保菌場所として最も重要な部位であった． 100種の新種のうち，Streptococcus sinensis，Laribacter hongkongensis，Clostridium hathewayi，Borrelia spielmaniiは最も詳細に解析され，リザーバーや伝播経路も記録されており，S. sinensis，L. hongkongensis，C. hathewayiは世界中で発見された． 16S rDNAシーケンスを臨床微生物学研究室でルーチンに使用するための最大のハードルの1つは、この技術の自動化である。 現在、自動化できる唯一のステップは、分離された細菌の16S rDNA配列を、配列データベースに基づいて分離株の身元を確認する結果を生成するソフトウェアパッケージの1つに入力することである。 しかし、ソフトウェアパッケージの精度に関する研究は、非常に多様な結果を与えており、結果の解釈は、多くの技術者、さらには臨床微生物学者にとって依然として困難である。 臨床微生物学において16S rDNAシーケンスを十分に活用するためには、同定結果の解釈についてより良いガイドラインが必要であり、16S rDNAシーケンスだけでは確信を持って同定できない細菌種については追加・補足的な方法が必要であると考えられる。