Het kleine subunit (SSU) 18S rRNA-gen is een van de meest gebruikte genen in fylogenetische studies en een belangrijke merker voor random target polymerase-kettingreactie (PCR) bij het screenen van de biodiversiteit in het milieu. In het algemeen zijn rRNA-gensequenties gemakkelijk toegankelijk dankzij sterk geconserveerde flankerende regio’s die het gebruik van universele primers mogelijk maken. Hun repetitieve rangschikking binnen het genoom levert buitensporige hoeveelheden template-DNA voor PCR op, zelfs bij de kleinste organismen. Het 18S-gen maakt deel uit van de functionele kern van het ribosoom en staat in alle levende wezens bloot aan soortgelijke selectieve krachten. Toen de eerste grootschalige fylogenetische studies op basis van 18S-sequenties werden gepubliceerd (b.v. door Field et al., 1988), werd het gen dan ook gevierd als de voornaamste kandidaat voor de reconstructie van de metazoanische levensboom. 18S sequenties leverden later het bewijs voor de splitsing van Ecdysozoa en Lophotrochozoa clades (monofyletische groep van organismen bestaande uit een gemeenschappelijke voorouder en al zijn lineaire afstammelingen), en droegen zo bij tot de meest recente revolutionaire verandering in ons begrip van metazoan verwantschappen.
Tijdens het laatste deel van de jaren 2000, en met de toename van het aantal taxa opgenomen in moleculaire fylogenieën, werden echter twee problemen duidelijk. Ten eerste zijn er de heersende sequentiebelemmeringen bij vertegenwoordigers van bepaalde taxa, zoals de weekdierenklassen Solenogastres en Tryblidia, geselecteerde tweekleppige taxa, en de raadselachtige schaaldierenklasse Remipedia. Het niet verkrijgen van 18S-sequenties van afzonderlijke taxa wordt als een veel voorkomend verschijnsel beschouwd, maar wordt zelden gerapporteerd. Ten tweede kan 18S, in tegenstelling tot de aanvankelijk hoge verwachtingen, geen knooppunten op alle taxonomische niveaus oplossen en varieert de doeltreffendheid ervan aanzienlijk tussen de clades. Dit is besproken als een effect van snelle antieke radiatie binnen korte perioden. Men gaat er thans van uit dat multigene analyses betrouwbaarder resultaten opleveren voor het traceren van diepe vertakkingen in Metazoa, maar 18S wordt nog steeds op grote schaal gebruikt in fylogenetische analyses.