De meerderheid van de Soedanese bevolking is moslim, en behoort voor het overgrote deel tot de soennitische tak. De soennitische islam in Soedan wordt, net als in veel andere delen van Afrika, gekenmerkt door de vorming van tarīqahs, of religieuze moslimbroederschappen. De oudste van deze tarīqahs is de Qādiriyyah, die in de 16e eeuw vanuit het Midden-Oosten in de regio Soedan werd geïntroduceerd. Een andere belangrijke tarīqah is de Khatmiyyah, of Mīrghaniyyah, die werd opgericht door Muḥammad ʿUthmān al-Mīrghanī in het begin van de 19e eeuw. Misschien wel de machtigste en best georganiseerde tarīqah is de Mahdiyyah; zijn volgelingen leidden een succesvolle opstand tegen het Turks-Egyptische regime (1821-85) en stichtten een onafhankelijke staat in Soedan die duurde van 1884 tot 1898. De Mahdiyyah en Khatmiyyah tarīqahs vormden de basis voor de politieke partijen die in de jaren 1940 in Soedan opkwamen en ook na de onafhankelijkheid een dominante rol bleven spelen in de politiek van het land.
Een klein percentage van de Soedanese bevolking volgt traditionele animistische godsdiensten, vooral in het Nubagebergte. Hoewel deze animisten een aantal gemeenschappelijke elementen van religieus geloof delen, heeft elke etnische groep zijn eigen inheemse godsdienst. Vrijwel alle traditionele Afrikaanse godsdiensten in Soedan delen de opvatting van een hoge geest of godheid, gewoonlijk een scheppergod. Er bestaan twee opvattingen over het universum: het aardse en het hemelse, of het zichtbare en het onzichtbare. De hemelse wereld wordt gezien als bevolkt door geestelijke wezens die als tussenpersonen of boodschappers van God dienen; in het geval van de Nilotes worden deze geesten vereenzelvigd met hun voorouders. De oppergodheid is het voorwerp van rituelen waarbij gebruik wordt gemaakt van muziek en dans.
Christenen vormen een ander klein deel van de bevolking. Het christendom kwam voor het eerst naar Soedan rond de 6e eeuw ce, en eeuwenlang daarna bloeiden de christelijke kerken in het oude koninkrijk Nubië. Na de vestiging van de moslimheerschappij in Egypte en de latere Arabische migratie naar Soedan, nam het christendom in Nubië af en werd het geleidelijk vervangen door de islam; dit proces was aan het eind van de 15e eeuw voltooid. Het huidige christendom in Soedan is het resultaat van Europese zendingsactiviteiten die in de tweede helft van de 19e eeuw begonnen. De meeste van die inspanningen waren geconcentreerd in het Nubagebergte en niet onder de moslims van het noorden.