Op 8 oktober 2010 is de Nicaraguaanse regering begonnen met het baggeren van 33 kilometer (21 mijl) van de San Juan-rivier, onder leiding van commandant Edén Pastora. Op 20 oktober diende de Costa Ricaanse regering bij de Nicaraguaanse autoriteiten een klacht in over een vermeende schending van haar soevereiniteit, aangezien Nicaraguaanse troepen Costa Ricaans grondgebied waren binnengedrongen. De regering van Costa Rica zei dat het uitbaggeren van de rivier milieuschade veroorzaakte in de wetlands bij Isla Calero, dat deel uitmaakt van het natuurreservaat van het eiland, in een gebied dat eigendom is van het Costa Ricaanse Ministerie van Milieu. Nicaragua verwierp alle beweringen en antwoordde dat de Costa Ricanen in feite zijn grondgebied waren binnengedrongen, en de vice-president van Nicaragua merkte op dat “wij ons eigen grondgebied niet kunnen binnendringen”. De Costa Ricaanse regering reageerde door op 22 oktober 70 politieversterkers naar het grensgebied te sturen. Nicaragua stationeerde ongeveer 50 soldaten op het eiland.
Volgens een Costaricaanse krant heeft Edén Pastora zijn acties gerechtvaardigd op basis van de grens zoals aangegeven door Google Maps en de noodzaak om de drugshandel te bestrijden. Pastora ontkende echter te hebben beweerd dat hij zich op Google Maps had gebaseerd om de grens te bepalen, en zei tegen de Nicaraguaanse pers dat zijn begrip van de grens was gebaseerd op de oorspronkelijke tekst van het Cañas-Jerez Verdrag van 1858. Een vertegenwoordiger van Google Latijns-Amerika verklaarde dat hoewel “Google-kaarten van zeer hoge kwaliteit zijn en Google voortdurend werkt aan het verbeteren en bijwerken van bestaande informatie, ze in geen geval mogen worden gebruikt als referentie om te beslissen over militaire acties tussen twee landen.” Hij voegde eraan toe: “In dit geval heeft Google vastgesteld dat er een onnauwkeurigheid was in de vormgeving van de grens tussen Costa Rica en Nicaragua en werkt eraan om de informatie zo snel mogelijk bij te werken.” De grensafbeelding werd later gecorrigeerd door Google op Google Earth en in Google Maps.
Beide landen namen verschillende benaderingen over hoe de kwestie op te lossen. Nicaragua stelde dat het een grensgeschil was dat moest worden opgelost door het Internationaal Gerechtshof, terwijl Costa Rica stelde dat het een militaire inval was en dat de Organisatie van Amerikaanse Staten (OAS) de kwestie moest oplossen.
OAS secretaris-generaal José Miguel Insulza had een ontmoeting met beide regeringen en inspecteerde het conflictgebied. Vervolgens riep hij beide landen op alle troepen en veiligheidspersoneel uit het betwiste gebied te verwijderen als een eerste stap naar het openen van een dialoog om de situatie vreedzaam op te lossen en de grens af te bakenen om verdere conflicten te voorkomen. Costa Rica stemde met deze voorwaarden in, maar Nicaragua weigerde zijn troepen te verwijderen. Op een vergadering op 12 november keurden de OAS-ambassadeurs met een meerderheid van 22 tegen 2 een resolutie goed waarin Costa Rica en Nicaragua werden verzocht hun troepen terug te trekken uit een conflictgebied langs hun gemeenschappelijke grens en gesprekken te voeren om hun geschil bij te leggen. President Daniel Ortega van Nicaragua wees de mogelijkheid van terugtrekking van de troepen van de hand en legde de OAS-resolutie naast zich neer omdat zijn regering van mening was dat deze organisatie niet bevoegd is om grensgeschillen op te lossen. In dezelfde persconferentie kondigde president Ortega zijn voornemen aan om bij het Internationaal Gerechtshof een eis in te dienen voor toestemming om de Costa Ricaanse Coloradorivier te bevaren.
Van politieke zijde bekritiseerden sommige commentatoren Daniel Ortega omdat hij van deze zaak gebruik zou hebben gemaakt om zijn herverkiezing te bevorderen. Costa Rica’s president Laura Chinchilla werd bekritiseerd door voormalig president Óscar Arias voor haar naïeve aanpak van de situatie.
Op 18 november 2010 diende Costa Rica een klacht in tegen Nicaragua bij het Internationaal Hof van Justitie. De klacht beweerde een inval in, bezetting van en gebruik door Nicaragua’s leger van Costa Ricaans grondgebied, schendingen van Nicaragua’s verdragsverplichtingen jegens Costa Rica, en “lopende en geplande baggerwerkzaamheden en de aanleg van het kanaal (die) de watertoevoer naar de Coloradorivier van Costa Rica ernstig zullen beïnvloeden, en verdere schade zullen toebrengen aan Costa Ricaans grondgebied, met inbegrip van de wetlands en de nationale beschermde natuurgebieden in de regio”. Costa Rica diende ook een verzoek in om voorlopige maatregelen, waaronder de terugtrekking van alle Nicaraguaanse troepen van het eiland, de stopzetting van de aanleg van een kanaal over Costa Ricaans grondgebied, de onmiddellijke stopzetting van het storten van sedimenten op Costa Ricaans grondgebied en de onmiddellijke stopzetting van het kappen van bomen en het verwijderen van vegetatie en grond van Costa Ricaans grondgebied, met inbegrip van zijn wetlands en bossen. Op dezelfde dag heeft de OAS met 22 stemmen vóór en 1 stem tegen (bij 7 onthoudingen) een verzoek van Costa Rica ingewilligd om een raadgevende vergadering van de ministers van Buitenlandse Zaken van de OAS bijeen te roepen om de situatie tussen Costa Rica en Nicaragua in het grensgebied van de San Juan-rivier te analyseren. De vergadering vond plaats op 7 december 2010.
In maart 2011 oordeelde het Internationaal Gerechtshof voorlopig dat Costa Rica en Nicaragua zich beide moeten onthouden van het zenden of handhaven van burgers, veiligheidstroepen of politie in dit betwiste grensgebied, maar dat Costa Rica civiele teams mocht sturen die zich met milieukwesties bezighielden. Nicaragua mocht doorgaan met baggeren in de San Juan-rivier zelf, aangezien Nicaragua de soevereiniteit heeft over de rivier zelf.
Water later ontstond er een geschil over een weg die Costa Rica aanlegde aan de grens met Nicaragua. Nicaragua beweerde dat wetlands en nationale parken werden beschadigd. Costa Rica voerde echter aan dat de weg noodzakelijk was ter bescherming tegen de “Sandinisten” en om te voorzien in elektriciteit en andere behoeften van mensen die op een afgelegen plaats wonen en voor wie de enige eerdere doorgangsmethode de boot in de San Juan-rivier was.
Een opmerking ter verduidelijking: het conflict vindt niet plaats op Isla Calero, met 151.6 km2, maar op Isla Portillos (gelegen ten noorden van Calero) dat het achtste grootste eiland van Costa Rica is (16,8 km2), met inbegrip van de Refugio Nacional de Vida Silvestre Corredor Fronterizo Norte , volgens uitvoerend decreet nr. 23248-MIRENEN van 18 mei 1994. Isla Portillos is door Nicaraguanen en Costa Ricanen, met inbegrip van de pers en de regeringen van beide landen, verward met het grotere Isla Calero. Desondanks is het conflict bekend geworden als het “Calero-eiland conflict”.