De Reformatie en de daaropvolgende Contrareformatie omvatten enkele van de meest ingrijpende religieuze, sociale en politieke transities van het Renaissance tijdperk. Beide bewegingen hebben een diepgaande invloed uitgeoefend op de muziek van die tijd. We zullen later nader ingaan op een aantal effecten van de protestantse reformatie op de muziek, met name op die van Maarten Luther, wanneer we de cantates van J.S. Bach in de barok bestuderen. Voor nu zal een overzicht van de Reformatie volstaan. Let bij het lezen op de rol van de boekdrukkunst en het antwoord van de katholieke kerk, de contrareformatie. De volgende pagina zal zich richten op de contra-reformatie en de effecten daarvan op de Renaissance muziek, in het bijzonder die van Giovanni Pierluigi da Palestrina.
De Protestantse Reformatie, vaak kortweg Reformatie genoemd, was het schisma binnen het Westerse Christendom dat werd geïnitieerd door Maarten Luther, Johannes Calvijn, Huldrych Zwingli en andere vroege Protestantse Hervormers.
Hoewel er vóór Luther belangrijke eerdere pogingen waren geweest om de Rooms Katholieke Kerk te hervormen – zoals die van Jan Hus, Peter Waldo, en John Wycliffe – is het Maarten Luther die algemeen erkend wordt als degene die de Reformatie begon met zijn werk De Vijfennegentig Stellingen uit 1517. Luther begon met het bekritiseren van de verkoop van aflaten, waarbij hij volhield dat de Paus geen zeggenschap had over het vagevuur en dat de katholieke leer van de verdiensten van de heiligen geen basis had in het evangelie. De aanvallen breidden zich uit tot veel van de doctrines en devotionele katholieke praktijken. De nieuwe beweging in Duitsland diversifieerde bijna onmiddellijk, en andere hervormingsimpulsen ontstonden onafhankelijk van Luther. De grootste groeperingen waren de lutheranen en de calvinisten, of gereformeerden. Lutherse kerken werden vooral gesticht in Duitsland, de Baltische staten en Scandinavië, terwijl de Gereformeerde kerken werden gesticht in Frankrijk, Zwitserland, Hongarije, de Nederlanden en Schotland. De nieuwe stroming had na 1547 onder Edward VI en Elizabeth I een beslissende invloed op de Church of England, hoewel de nationale kerk onder Hendrik VIII in het begin van de jaren 1530 om politieke en niet om religieuze redenen onafhankelijk was gemaakt. Er waren ook hervormingsbewegingen in heel continentaal Europa, bekend als de Radicale Reformatie, die aanleiding gaven tot de Anabaptisten, Moraviërs en andere Piëtistische bewegingen.
Hoewel de kernmotivatie achter deze veranderingen theologisch was, speelden vele andere factoren een rol, waaronder de opkomst van het nationalisme, het Westers Schisma dat het geloof van de mensen in het Pausdom uitholde, de corruptie van de Curie, en de nieuwe kennis van de Renaissance die veel van het traditionele denken in twijfel trok. Op technologisch niveau verschafte de verspreiding van de drukpers de middelen voor de snelle verspreiding van religieus materiaal in de volkstaal.
De Rooms-Katholieke Kerk reageerde met een Contra-Reformatie, geïnitieerd door het Concilie van Trente. Veel werk in de strijd tegen het protestantisme werd verricht door de goed georganiseerde nieuwe orde van de Jezuïeten. In het algemeen kwam Noord-Europa, met uitzondering van het grootste deel van Ierland, onder de invloed van het protestantisme. Zuid-Europa bleef rooms-katholiek, terwijl Centraal-Europa het toneel was van een hevige strijd, die culmineerde in de Dertigjarige Oorlog, die het land massaal verwoest achterliet.