Nova is bekritiseerd omdat zij auteurs niet altijd via het academische peer review-proces beoordeelt en omdat zij oude, tot het publieke domein behorende boekhoofdstukken en vrij toegankelijke overheidsrapporten tegen hoge prijzen heruitgeeft. Deze kritiek heeft bibliothecaris Jeffrey Beall ertoe gebracht te schrijven dat Nova Science Publishers volgens hem tot de “bottom-tier” van uitgevers behoort.
Een recent onderzoek van nationale en internationale databases van wetenschappelijke uitgevers van boeken (waaronder de Book Citation Index, Scopus, CRIStin, JUFO, VIRTA en SPI) identificeerde Nova als een van de “kernen van uitgevers die in alle vijf” van de onderzochte informatiesystemen zijn geïndexeerd. Deze “kern” omvatte 46 van de 3.765 geïdentificeerde uitgevers.
In een rapport uit 2011 van eenentwintig internationale sociaal-wetenschappelijke boekuitgevers waarin de penetratie op internationale markten en vermelding van boeken in internationale wetenschapsindexsystemen zoals Cambridge Scientific Abstracts werden bepaald, stond Nova Science Publishers op de 17e plaats van de 21. In een rangschikkingsonderzoek van boekuitgevers in 2017 stond Nova Science Publishers hoog op het aantal gepubliceerde boeken, maar dicht bij de bodem voor het aantal citaties per boek. Een rapport uit 2018 van dezelfde auteur geeft nu aan dat Nova in de bovenste helft van de 51 staat voor 1.algehele wereldwijde status van het bedrijf; 2.bedrijf als factor op de markt; 3.invloed van het bedrijf op het wereldwijde politieke en economische debat; 4.succesvol distribueren van bestsellers; 5. invloed op de wetenschappelijke gemeenschap; 6.succesvol distribueren van productie naar meer dan 50 wereldwijde Worldcat-bibliotheken; 7.output gedurende de laatste 5 jaar; 8. uitstekende academische kwaliteit. Maar ook is Nova met ingang van 2018 geschrapt van de Noorse lijst van goedgekeurde kanalen voor wetenschappelijke publicaties (Norwegian Register for Scientific Journals, Series and Publishers).