Een alternatieve benadering van milieuregelgeving is een “command and control”-benadering. Deze is veel prescriptiever dan marktconforme instrumenten. Tot de regelgevingsinstrumenten voor bevel en controle behoren emissienormen, specificaties van processen/apparatuur, beperkingen van input/output/lozingen, eisen om informatie bekend te maken, en audits. Er is kritiek geuit op de commando- en controlebenadering omdat deze de technologie zou beperken, aangezien er voor bedrijven geen stimulans tot innovatie zou zijn. Empirische studies hebben het tegendeel aangetoond; externe prijsveranderingen kunnen innovatie in de hand werken omdat bedrijven gedwongen worden het marktfalen van onderinvestering aan te pakken.
Marktgebaseerde instrumenten schrijven niet voor dat bedrijven specifieke technologieën moeten gebruiken, of dat alle bedrijven hun emissies met dezelfde hoeveelheid moeten verminderen, hetgeen bedrijven meer flexibiliteit geeft in hun aanpak van verontreinigingsbeheer. Een op bevels- en beheersingsregels gebaseerde aanpak kan echter nuttig zijn als uitgangspunt, wanneer de regelgevers met een belangrijk probleem worden geconfronteerd maar over te weinig informatie beschikken om een op de markt gebaseerd instrument te ondersteunen. Een op bevels- en beheersingsmaatregelen gebaseerde aanpak kan ook de voorkeur genieten wanneer de regelgevers te maken hebben met een dunne markt, waar de baten van een op de markt gebaseerd instrument door de beperkte potentiële handelspools niet groter zijn dan de kosten (een essentiële voorwaarde voor een succesvolle op de markt gebaseerde aanpak).
Instrumenten op basis van marktwerking kunnen ook ongeschikt zijn voor de aanpak van emissies met lokale effecten, aangezien de handel beperkt zou blijven tot de betrokken regio. Zij kunnen ook ongeschikt zijn voor emissies met mondiale gevolgen, omdat internationale samenwerking moeilijk te verwezenlijken kan zijn.
Om uiteenlopende redenen waren voorstanders van het milieu aanvankelijk tegen het gebruik van marktconforme instrumenten, behalve onder zeer strikte voorwaarden. Na het succesvolle gebruik van vrij verhandelbare kredieten bij de geleidelijke afschaffing van lood in de V.S. erkenden de voorstanders van het milieu echter dat handelsmarkten ook voordelen voor het milieu hebben. Sedertdien, te beginnen met het voorstel voor de markt van de zure-regenemissierechten, hebben de voorstanders van het milieu het gebruik van de handel in een verscheidenheid van contexten gesteund.