Het politieke systeem van de Republiek Soedan werd geherstructureerd na een militaire staatsgreep op 30 juni 1989, toen Omar al-Bashir, destijds een brigadier in het Soedanese leger, een groep officieren aanvoerde en de regering van premier Sadiq al-Mahdi afzette. Onder leiding van al-Bashir schorste de nieuwe militaire regering de politieke partijen en voerde op nationaal niveau een islamitisch wetboek in. Vervolgens werd hij voorzitter van de Revolutionaire Commandoraad voor Nationale Redding (een nieuw opgericht orgaan met wetgevende en uitvoerende bevoegdheden voor wat werd omschreven als een overgangsperiode), en bekleedde hij de posten van staatshoofd, premier, hoofd van de strijdkrachten en minister van defensie. Nadat hij samen met Hassan al-Turabi de sharia in het noorden van het land had geïnstitutionaliseerd, voerde al-Bashir zuiveringen en executies uit in de hoogste gelederen van het leger, verbood hij verenigingen, politieke partijen en onafhankelijke kranten en zette hij vooraanstaande politici en journalisten gevangen. In 1993 veranderde Soedan in een islamitische totalitaire eenpartijstaat toen al-Bashir de Revolutionaire Commandoraad afschafte en het Nationaal Islamitisch Front (NIF) oprichtte met een nieuw parlement en een regering die uitsluitend bestond uit leden van het NIF, en hij zichzelf uitriep tot president van Soedan. Als gevolg daarvan zou de Tweede Soedanese Burgeroorlog met het Soedanese Volksbevrijdingsleger (SPLA) in de daaropvolgende jaren alleen maar escaleren.
Van 1983 tot 1997 was het land verdeeld in vijf regio’s in het noorden en drie in het zuiden, elk onder leiding van een militaire gouverneur. Na de militaire staatsgreep van 1989 werden de regionale vergaderingen opgeschort. Toen de Revolutionaire Commandoraad voor Nationale Redding in 1993 werd opgeheven en het regerende Nationaal Islamitisch Front (NIF) de Nationale Congrespartij (NCP) oprichtte, omvatte de nieuwe partij enkele niet-moslimleden, voornamelijk Zuid-Soedanese politici, van wie sommigen werden benoemd tot minister of gouverneur van een deelstaat.
In 1997 werd de structuur van regionaal bestuur vervangen door de oprichting van zesentwintig deelstaten. De uitvoerende macht, de kabinetten en de hoge staatsambtenaren worden benoemd door de president, en hun beperkte budgetten worden bepaald door en verdeeld vanuit Khartoem. De deelstaten blijven daardoor economisch afhankelijk van de centrale regering. De deelstaat Khartoem, die de hoofdstad en de omliggende districten omvat, wordt bestuurd door een gouverneur.
Na de ondertekening van het alomvattend vredesakkoord (CPA) in 2005 tussen de regering van Omar al-Bashir en de Volksbevrijdingsbeweging/het Volksbevrijdingsleger van Sudan (SPLM/A), werd in Sudan een regering van nationale eenheid geïnstalleerd overeenkomstig de interim-grondwet, waarbij naast de vicepresident van Noord-Sudan een vicepresident voor het zuiden werd aangesteld. Hierdoor konden het noorden en het zuiden de olievoorraden gelijk verdelen, maar bleven ook de legers van zowel het noorden als het zuiden bestaan.
Na het vredesakkoord van Darfur werd het ambt van hoge presidentiële adviseur, de op drie na hoogste constitutionele post, toegewezen aan Minni Minnawi, een Zaghawa van het in Darfur gevestigde Soedanese Bevrijdingsleger (SLA). De posten van de uitvoerende macht werden verdeeld tussen de Nationale Congrespartij (NCP), de Volksbevrijdingsbeweging/het Volksbevrijdingsleger van Soedan (SPLM/A), het Oostelijk Front en facties van de Umma-partij en de Democratische Uniepartij (DUP). Het vredesakkoord met de SPLM/A verleende Zuid-Sudan autonomie voor zes jaar, die zou worden gevolgd door een referendum over onafhankelijkheid in 2011. Volgens de nieuwe grondwet van 2005 is de tweekamerige nationale wetgevende macht het officiële Sudanese parlement, verdeeld over twee kamers: de Nationale Vergadering, een lager huis met 450 zetels, en de Raad van Staten, een hoger huis met 50 zetels. Het parlement bestaat dus in totaal uit 500 benoemde leden, die allemaal indirect door de deelstaatregeringen worden verkozen voor termijnen van zes jaar.
Omar al-Bashir werd, ondanks zijn internationale arrestatiebevel, herkozen bij de Soedanese presidentsverkiezingen van 2010, de eerste democratische verkiezing waaraan meerdere politieke partijen deelnamen in negen jaar tijd. Zijn politieke rivaal was vicepresident Salva Kiir Mayardit, de huidige leider van de SPLA.
In december 1999 kwam het tot een machtsstrijd tussen president Omar al-Bashir en Hassan al-Turabi, oprichter van de NIF, islamistisch ideoloog en voorzitter van het parlement. Al-Turabi werd uit zijn functies in de regeringspartij en de regering ontzet, het parlement werd ontbonden, de grondwet werd opgeschort en bij presidentieel decreet werd de noodtoestand afgekondigd. Het parlement werd in februari 2001 hervat na de presidents- en parlementsverkiezingen van december 2000, maar de wetten inzake de nationale noodtoestand zijn nog steeds van kracht. Rond dezelfde tijd werd het Zwarte Boek gepubliceerd, een manuscript van dissidente westerlingen waarin de overheersing van de noordelijke volkeren in detail wordt beschreven. Al-Turabi werd in februari 2001 gearresteerd en beschuldigd van bedreiging van de nationale veiligheid en de constitutionele orde, omdat hij een memorandum van overeenstemming met de SPLM/A had ondertekend. Hij werd in een zwaar beveiligde gevangenis geplaatst tot zijn vrijlating in 2005.
Als onderdeel van het akkoord dat een einde maakte aan de Tweede Soedanese Burgeroorlog, werden op 22 september 2005 negen leden van de SPLM/A en 16 leden van de regering beëdigd als ministers, waarmee zij de eerste naoorlogse regering van nationale eenheid vormden. De inauguratie werd uitgesteld door ruzies over wie de verschillende portefeuilles zou krijgen en als gevolg van het overlijden van vice-president John Garang. De Nationale Congrespartij behield de controle over de belangrijkste posten op het gebied van energie, defensie, binnenlandse zaken en financiën, terwijl een door de SPLM benoemde kandidaat minister van Buitenlandse Zaken werd. Vice-president Salva Kiir zou zich hebben teruggetrokken in de strijd over wie de controle zou krijgen over het belangrijke ministerie van Energie en Mijnbouw, dat de productie van de olievelden van Soedan beheert.
Op 11 april 2019 werden al-Bashir en zijn regering omvergeworpen in een militaire staatsgreep onder leiding van zijn eerste vice-president en minister van Defensie, die vervolgens de nu regerende militaire junta oprichtten. De volgende dag droeg Auf de macht over aan Lt. Generaal Abdel Fattah Abdelrahman Burhan.