Selectieve houtkap is de praktijk waarbij slechts één of twee boomsoorten uit een bepaald gebied worden verwijderd. Zoals gezegd is selectieve houtkap een efficiëntere methode in vergelijking met kaalkap, maar er zijn nog steeds negatieve gevolgen. De selectieve houtkap in het Amazonewoud is overgegaan van het oogsten van een of twee boomsoorten in kleine hoeveelheden naar een systeem waarbij meerdere boomsoorten kunnen worden gekapt en toch winstgevend blijven. Het is een van de vele vormen van landgebruik in de zich ontwikkelende grensgebieden in het Amazonegebied. De groei van deze bedrijfstak is echter niet gecorreleerd met efficiënt beheer en betere oogsttechnieken. Hoewel er veel vooruitgang is geboekt op het gebied van bosbeheer, zoals “reduced impact logging” (RIL), is dit nog niet op grote schaal gebeurd. Verscheidene redenen waarom de voorkeur wordt gegeven aan schadelijke selectieve houtkaptechnieken boven RIL zijn: onduidelijke eigendomsrechten, hoge transactiekosten voor de overheid en een gebrek aan toegankelijke informatie over bosbeheertechnieken. RIL heeft ook invloed op de regeneratie van bomen omdat het kleinere openingen in het bladerdak creëert die het natuurlijke licht beperken dat regenererende bomen nodig hebben om te overleven.
Twee manieren om toestemming te krijgen om bossen in het Braziliaanse Amazonegebied te kappen zijn via beleidsgereguleerde bosbeheerplannen en ontbossing. Tussen 2000 en 2004 werd via deze vergunningen bijna 15 miljoen m3 hout geregistreerd, maar tussen 1998 en 2004 werd meer dan 24 miljoen kubieke meter (850×106 cu ft) geregistreerd. Een groot deel van de productie uit deze jaren was afkomstig van illegale houtkap. Illegale houtkap leidt tot belastingderving door de overheid en een slechte economische ontwikkeling in sectoren die verband houden met de houtkap. Bovendien leidt illegale houtkap tot verarming van de bossen, verlies van biodiversiteit en een grotere kans op bosbranden.
De intensiteit waarmee wordt gekapt, heeft een direct effect op de ecologische vooruitgang. Aanvankelijk vermindert de bedekking van het bladerdak als gevolg van selectieve houtkap, wat leidt tot een vertraging van de bosgroei, de hydrologische processen en de voedselvoorziening. Selectieve houtkap verandert niet alleen de bosstructuur, maar verandert ook de koolstofcyclus en andere belangrijke biogeochemische processen die de productiviteit van bossen helpen controleren en handhaven. De effecten van selectieve houtkap kunnen worden onderverdeeld in drie hoofdcomponenten: bodemschade als gevolg van oogstwerkzaamheden, temporele patronen van de kroonklooffractie binnen elke bodemschadecategorie, en temporele veranderingen in de klooffractie als gevolg van gekapte bomen. De fractie van de kroonkloof is het geïntegreerde effect van verschillende schaalafhankelijke biofysische eigenschappen die informatie verschaffen over de openheid van de kroonlaag na selectieve houtkap. Trails leveren de grootste bijdrage aan de bodemschade, maar houtvlonders en wegen waren kleine componenten van de totale bodemschade. Verschillende oogstmethoden en -technieken resulteren echter in verschillende niveaus van bodemschade. Ondanks vergelijkbare oogsttechnieken veroorzaken conventionele houtkapmethoden meer bodemschade dan “reduced impact logging”.
Selectieve houtkap is een van de vele vormen van landgebruik in het Braziliaanse Amazonegebied, maar het vergroot ook de toegang van de mens tot de bossen door de ontwikkeling van een veelheid aan houtkapwegen. Deze wegen vergemakkelijken de toegang tot de houtkapgebieden, maar maken het ook gemakkelijker voor jagers om toegang te krijgen tot het bos, waardoor de biodiversiteit in het bos afneemt. Bovendien is de kans het grootst dat er rond deze wegen wordt gekapt, omdat een gemakkelijke toegang meer winst oplevert. Dit leidt tot grote hiaten en hoge ontbossingspercentages. Het is onvermijdelijk dat de kans op ontbossing groter is bij slecht beheerde selectieve houtkap in bossen dan bij bossen zonder. Deze grotere openingen in het bladerdak resulteren in aantasting en een grotere brandgevoeligheid. Versnippering van de bossen is ook het gevolg van houtkap met een grote impact op de bossen. De gevolgen van de houtkap in het Braziliaanse Amazonegebied leiden tot versnippering van de bossen, omdat nieuwe bosgebieden worden gekapt of selectief worden gekapt.
Al bijna de helft van de selectieve houtkap in het Amazonegebied was in het begin van de jaren 2000 illegaal. Omdat veel van de houtkappraktijken niet gereguleerd waren, maakte de grote schade die de ontginning aanrichtte, het bosgebied vatbaar voor droogte en brand. In recentelijk gekapte bossen zijn de canopy gap fracties het hoogst in de log decks, maar het totale effect op de forest gap fractie is verwaarloosbaar vanwege de kleine oppervlakte van de decks.