Hoewel Sofja tijdens de dynastieke strijd van 1682 uit de schaduw te voorschijn kwam, kunnen haar vroegere invloeden helpen verklaren waarom zij het regentschap verkreeg. Bij de vorige machtswisseling in 1676 heeft Sofja wellicht gehandeld in het belang van haar broer Feodor, aangezien er verschillende geruchten bestaan dat zij toen bij haar vader, de stervende tsaar Alexis, heeft gepleit om Peter niet tot zijn erfgenaam uit te roepen. Feodor’s bekwaamheid om Rusland te leiden werd in twijfel getrokken, gebaseerd op zijn zwakke karakter en slechte gezondheid. Zijn geestelijke vermogens ontwikkelden zich echter vrij goed in de loop der tijd, omdat hij les kreeg van Simeon Polotsky. Tijdens de korte regeerperiode van Feodor III (1676-1682), zo beweren veel historici, regeerde Feodor eigenlijk “onder het protectoraat van Sofja, zijn zuster”. Toen de gezondheid van de jonge tsaar Feodor begon af te nemen, kwamen er meer personen op om hem te adviseren, en Sophia zag haar invloed gestaag afnemen. Profiterend van een hof dat nooit openstond voor een vrouw in haar situatie, maakte zij gebruik van haar connecties, maakte bondgenoten en maakte formele plannen om de troon te bemachtigen. Toen Feodor stierf (7 mei 1682), keerde Sofja onmiddellijk terug op het politieke toneel. Ze woonde de begrafenis van haar broer bij en veroorzaakte daarbij veel opschudding. In Sophia’s tijd werden de vrouwelijke familieleden van de tsaar weggehouden van het hof en andere politieke sferen, en begrafenissen vonden traditioneel plaats zonder vrouwen. Sofja stormde de begrafenis binnen, drong aan op haar aanwezigheid en bracht tegelijkertijd een keten van gebeurtenissen op gang die zou resulteren in haar regentschap.
De Miloslavsky-partij, gegroepeerd rond de familie van Feodor en Sofja, maakte van de Streltsy-opstand (25 mei 1682) gebruik om Sofja op de zetel van de macht te plaatsen. Tsaar Alexis had door zijn twee vrouwen twee families achtergelaten, en elk van de twee takken kon bogen op ten minste één mannelijke erfgenaam. Aangezien de clans van de twee echtgenotes van Alexis met elkaar in conflict waren, beraamde Sofja een plan om de macht voor zichzelf en haar familie veilig te stellen. Door haar volle broer Ivan als rechtmatige troonopvolger voor te dragen, probeerde Sofja de patriarch en de boyaren ervan te overtuigen dat zij hun recente besluit om Peter te kronen moesten terugdraaien. Zij hield vol dat de proclamatie van Peter de monarchale wetten overtrad door haar broer over te slaan, die de volgende in lijn zou zijn geweest om te regeren als hij niet zo onbekwaam was geweest, en stelde een gedeelde kroon voor met Ivan en haarzelf. Toen het hof dit voorstel snel en unaniem verwierp, riep Sofja de ontmoedigde militaire troepen, de streltsy, om hulp en steun. De onterechte afwijzing van Ivans rechten werkte als een katalysator op de reeds ontstemde en gefrustreerde troepen. Meerdere zaken, waaronder genadeloze motiveringstactieken en gebrek aan rust, dreven de streltsy tot gewelddadig verzet tegen de “onrechtvaardige” verkiezing van Peter. Toen de gevechten ophielden en Peters leven voor altijd getekend was door het bloedvergieten van zijn Naryshkin-familieleden, bereikten de streltsy hun oorspronkelijke eisen.In de nasleep van de streltsy-opstand kroonde patriarch Ioakim op 25 juni 1682 de onbekwame Ivan tot senior tsaar (Ivan V) en Peter, pas negen jaar oud, tot junior tsaar. Sofja werd bij de dood van Feodor beschouwd als het enige intellectueel rijpe lid van de heersende familie, waardoor zij de favoriet was om namens het kind Peter en de onbekwame Ivan te regeren. Met behulp van de politieke en praktische kennis die zij aan de zijde van Feodor had verworven, overtuigde Sofja de edelen en de patriarch van haar capaciteiten om Rusland te regeren. Zoals Sofja voor de dood van tsaar Feodor had geregeld, werd Vasili Golitsyn geïnstalleerd als de facto hoofd van de regering en voerde hij de meeste beleidsmaatregelen uit tijdens haar regentschap.