Associated Personnel:
- Kate Reardon, Research Microbiologist
- Katherine Son, Physical Science Technician
- Vacant, Research Associate, Microbiologist (Soils)
- Vacant, Lab Technician
- ARS-SWCR Scientists
Collaborators:
- Mark Mazzola, USDA-ARS Tree Fruit Research Lab, Wenatchee, WA
- David Brown, Washington State University, Pullman, WA
- Kristin Trippe, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, Corvallis, OR
- Dick Smiley, Oregon State University, Adams, OR
- Marion Brodhagen, Western Washington University, Bellingham, WA
- Jeff McLean, J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA
Current Research Projects
Microben in de bodem dragen in belangrijke mate bij tot de nutriëntencyclus en de stikstofbeschikbaarheid in landbouwgronden. Mijn onderzoek richt zich op hoe gewasbeheerstrategieën de inheemse microbiële gemeenschappen in de bodem beïnvloeden en de invloed die teeltsystemen hebben op de stikstof- en koolstofdynamiek. In een poging om deze effecten te begrijpen, maken we gebruik van moleculaire technieken om microben te kwantificeren en te identificeren, waaronder bacteriën, schimmels, archaea en nematoden die belangrijk zijn voor de nutriëntencyclus in landbouwbodems. Wij analyseren ook veranderingen in de abundantie van genen die nodig zijn voor bepaalde microbiële functies, zoals de stikstofcyclus. Door de functionele genen te analyseren, zoals het gen dat codeert voor ammoniakmonooxygenase, dat de eerste stap van de omzetting van ammoniak in nitriet katalyseert, kunnen we veronderstellingen maken over hoe beheerstrategieën zoals gewasrotatie of stikstofbemesting de microbiële ammoniakoxidatie beïnvloeden.
De mogelijkheden op het gebied van moleculaire biologie zijn nieuw voor het microbiologieprogramma van USDA-ARS in Pendleton en omvatten momenteel DNA/RNA-extractie, gelelektroforese, PCR (polymerasekettingreactie), kwantitatieve PCR, T-RFLP (voor het bepalen van veranderingen in microbiële diversiteit, terminal restriction fragment length polymorphism), DNA-sequencing en DNA/RNA-kwantificering met behulp van fluorescentie of een Bioanalyzer.