Net als andere korte-affiniteitstags (His-tag, FLAG-tag) kan de Strep-tag gemakkelijk worden gefuseerd met recombinante eiwitten tijdens het subkloneren van zijn cDNA of gen. Voor de expressie zijn diverse vectoren voor verschillende gastheerorganismen (E. coli, gist, insecten en zoogdiercellen) beschikbaar. Een bijzonder voordeel van de Strep-tag is zijn vrij kleine omvang en het feit dat hij biochemisch vrijwel inert is. Daarom wordt de eiwitvouwing of -uitscheiding niet beïnvloed en meestal interfereert het niet met de eiwitfunctie. Strep-tag is bijzonder geschikt voor de analyse van functionele eiwitten, omdat de zuiveringsprocedure onder fysiologische omstandigheden kan worden gehouden. Hierdoor kunnen niet alleen gevoelige eiwitten in hun natieve toestand worden geïsoleerd, maar is het ook mogelijk intacte eiwitcomplexen te zuiveren, zelfs als slechts één subeenheid het label draagt.
In de eerste stap van de Strep-tag zuiveringscyclus wordt het cellysaat dat Strep-tag fusie-eiwit bevat, aangebracht op een kolom met geïmmobiliseerd Strep-Tactine (stap 1). Nadat het gemerkte eiwit zich specifiek aan Strep-Tactin heeft gebonden, worden door een korte wasstap met een fysiologische buffer (bv. PBS) alle andere gastheereiwitten verwijderd (stap 2). Dit is te danken aan de buitengewoon lage neiging om eiwitten niet specifiek te binden. Vervolgens wordt het gezuiverde Strep-tag fusie-eiwit voorzichtig geëlueerd met een lage concentratie desthiobiotine, dat specifiek concurreert voor de biotinebindingsplaats (stap 3). Om de kolom te regenereren wordt desthiobiotine verwijderd door toepassing van een HABA-houdende oplossing (een gele azokleurstof). De verwijdering van desthiobiotine wordt aangegeven door een kleurverandering van geeloranje naar rood (stap 4+5).Tenslotte wordt de HABA-oplossing uitgewassen met een klein volume loopbuffer, waardoor de kolom klaar is voor gebruik bij de volgende zuiveringsrun.